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Yorodumi- PDB-3mil: Crystal structure of isoamyl acetate-hydrolyzing esterase from Sa... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mil | ||||||
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Title | Crystal structure of isoamyl acetate-hydrolyzing esterase from Saccharomyces cerevisiae | ||||||
Components | Isoamyl acetate-hydrolyzing esterase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / SGNH-hydrolase | ||||||
Function / homology | Function and homology information isoamyl acetate esterase / acetate metabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / lipid catabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Ma, J. / Lu, Q. / Yuan, Y. / Li, K. / Ge, H. / Go, Y. / Niu, L. / Teng, M. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2011 Title: Crystal structure of isoamyl acetate-hydrolyzing esterase from Saccharomyces cerevisiae reveals a novel active site architecture and the basis of substrate specificity Authors: Ma, J. / Lu, Q. / Yuan, Y. / Ge, H. / Li, K. / Zhao, W. / Gao, Y. / Niu, L. / Teng, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mil.cif.gz | 206.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mil.ent.gz | 166.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mil.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3mil_validation.pdf.gz | 440.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3mil_full_validation.pdf.gz | 442 KB | Display | |
Data in XML | 3mil_validation.xml.gz | 25.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3mil_validation.cif.gz | 38.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/3mil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/3mil | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27621.492 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Gene: EST2, IAH1, O3287, YOR126C, YOR3287C / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P41734, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: evaporation / pH: 6.2 Details: 0.2M Ammonium fluoride, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.2, EVAPORATION, temperature 285K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. all: 56851 / Num. obs: 56851 / % possible obs: 90.9 % / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 17.7 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Num. unique all: 2588 / % possible all: 83.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.6→31.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.426 / SU ML: 0.055 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.107 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.987 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→31.93 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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