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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hfk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 4-methylmuconolactone methylisomerase (H52A) in complex with 4-methylmuconolactone | ||||||
要素 | 4-methylmuconolactone methylisomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / ferredoxin / ferredoxin-like fold / beta-barrel / 4-methylmuconolactone methylisomerase / H52A / biodegradation / ortho-cleavage | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas reinekei (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Marin, M. / Heinz, D.W. / Pieper, D.H. / Klink, B.U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: Crystal structure and catalytic mechanism of 4-methylmuconolactone methylisomerase 著者: Marin, M. / Heinz, D.W. / Pieper, D.H. / Klink, B.U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hfk.cif.gz | 119.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hfk.ent.gz | 93.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hfk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/3hfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/3hfk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13576.619 Da / 分子数: 4 / 変異: H52A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas reinekei (バクテリア) 株: MT1 / 遺伝子: mmlI / プラスミド: pASKIBAmmlI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: C5MR76, EC: 5.4.99.14 #2: 化合物 | ChemComp-4ML / [( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 25% PEG 1500, 0.1M MMT, hanging drop, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 数: 298041 / Rmerge(I) obs: 0.113 / D res high: 1.9 Å / D res low: 75.24 Å / Num. obs: 41197 / % possible obs: 99.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.9→75.24 Å / Num. obs: 41197 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.23 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 14.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.15 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3HDS 解像度: 1.9→40.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.38 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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