PDB-3hfd: Nucleosome Assembly Protein 1 from Plasmodium knowlesi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hfd

タイトル

Nucleosome Assembly Protein 1 from Plasmodium knowlesi

要素

Nucleosome assembly protein 1

キーワード

CHAPERONE / PROTEIN TRANSPORT / histone binding / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleosome assembly / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium knowlesi strain H (カニクイザルマラリア原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Arakaki, T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Nucleosome Assembly Protein 1 from Plasmodium knowlesi
著者: Merritt, E.A. / Arakaki, T. / Napuli, A. / Mueller, N. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Zucker, F. / Verlinde, L.M.J. / Zhang, L. / Hol, W.G.J.

履歴

登録	2009年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hfd.cif.gz	58.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hfd.ent.gz	41.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hfd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hfd_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hfd_full_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示
XML形式データ	3hfd_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	3hfd_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/3hfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/3hfd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5xjq-d 6grc-d 20202 5ejy-d 4q0j-d 5ggw-d 7a5e-d 3c0h-d 6vpu-11 6hyj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfal001766AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleosome assembly protein 1

32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleosome assembly protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.895, 38.259, 80.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.410, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Nucleosome assembly protein 1 分子量: 32487.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cleaved 由来: (組換発現) Plasmodium knowlesi strain H (カニクイザルマラリア原虫) 遺伝子: PKH_130240 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3LB24, UniProt: A0A384KYS3*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Nucleosome assembly protein 1

分子量: 32487.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cleaved
由来: (組換発現)

Plasmodium knowlesi strain H (カニクイザルマラリア原虫)
遺伝子: PKH_130240 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3LB24, UniProt: A0A384KYS3*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M Tris, 32% PEG 3350, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→79.06 Å / Num. obs: 5581 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Χ²: 1.035 / Net I/σ(I): 16.551

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.9	2.7	0.214	439	0.977	1	77.2
2.9-3.02	2.9	0.197	502	0.96	1	86.4
3.02-3.15	3.1	0.156	544	1.002	1	94.1
3.15-3.32	3.4	0.139	576	1.069	1	98.3
3.32-3.53	3.5	0.128	569	1.082	1	99.6
3.53-3.8	3.6	0.089	571	1.095	1	100
3.8-4.18	3.6	0.075	587	1.021	1	100
4.18-4.78	3.7	0.056	597	1.018	1	100
4.78-6.02	3.6	0.045	579	1.056	1	99.8
6.02-30	3.4	0.031	617	1.011	1	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0089	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.806 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 48.123 / SU ML: 0.415 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.55 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.328	255	4.6 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.23	5580	95.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 41.81 Å² / B_iso mean: 23.885 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.51 Å²	0 Å²	-1.93 Å²
2-	-	3.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1780	0	0	13	1793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.182	1.95	2468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.819	3	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.376	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.332	24.375	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.118	15	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.941	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.339	1.5	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.042	1.5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.659	2	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.853	3	757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.502	4.5	742

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.875 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.475	12	-
R_work	0.282	323	-
all	-	335	-
obs	-	-	74.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8828	-1.3659	5.094	0.7283	-2.3915	9.6193	0.0333	-0.1572	0.0167	0.0554	0.1207	0.025	0.0321	-0.2204	-0.154	0.1023	-0.0405	0.0154	0.2368	0.0024	0.1661	-12.418	-13.334	-12.073
2	3.8164	-1.8106	-0.865	8.0304	3.6538	5.641	0.0062	-0.0485	0.2636	0.3746	0.1241	0.146	0.0364	0.4178	-0.1303	0.0809	-0.0277	-0.0108	0.3711	-0.0381	0.0592	8.544	-2.071	25.599
3	8.9019	3.0331	8.1763	3.8906	3.9391	9.0143	0.3473	0.1842	0.0449	0.1195	-0.5202	0.4748	0.9157	-0.1179	0.1729	0.3565	-0.0367	-0.018	0.2903	-0.024	0.2167	-2.471	-6.025	20.655
4	5.3265	1.1498	2.8713	2.2455	2.3262	7.6044	0.1188	0.3759	-0.3013	-0.2899	-0.077	0.3431	0.0901	-0.3158	-0.0418	0.1199	0.0235	-0.1056	0.2421	-0.0072	0.1265	-5.833	2.072	24.86
5	1.9915	-4.4014	-1.1938	10.4639	2.3471	0.8378	0.1022	-0.1547	0.1271	0.053	-0.052	-0.2764	-0.2203	0.2282	-0.0502	0.532	-0.0623	-0.0017	0.3781	-0.021	0.4669	-2.513	20.208	34.489
6	7.7331	2.4033	3.9263	14.0823	8.7236	6.2287	-0.238	0.0073	-0.0508	0.105	0.4426	-0.298	-0.0333	0.2625	-0.2046	0.0905	-0.0057	-0.0019	0.1558	0.0422	0.0503	-1.534	9.406	23.333
7	3.0631	-3.878	4.4077	4.9459	-5.8072	8.097	0.0217	-0.196	0.4604	-0.1122	0.2426	-0.4475	0.36	-0.9053	-0.2643	0.5522	-0.006	-0.1919	0.8091	0.1226	0.5847	-8.263	11.457	11.425
8	13.5676	-2.4904	1.9132	1.7235	-0.2443	1.9283	0.005	0.5804	0.2259	-0.2656	0.0352	-0.0819	0.0504	0.2033	-0.0402	0.1428	0.0077	-0.0284	0.1605	0.0043	0.1073	10.026	-2.129	14.855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	73 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	127 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	146 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	194 - 222
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	223 - 229
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	230 - 262
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	263 - 281

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