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万見
- PDB-3hef: Crystal structure of the bacteriophage Sf6 terminase small subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hef
タイトルCrystal structure of the bacteriophage Sf6 terminase small subunit
要素Gene 1 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / bacteriophage Sf6 / terminase small subunit gp1 / gp1 octameric assembly / gp1 channel / DNA recognition / DNA packaging
機能・相同性: / Bacteriophage Sf6, terminase small subunit-like / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Gene 1 protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage Sf6 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Zhao, H. / Tang, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the DNA-recognition component of the bacterial virus Sf6 genome-packaging machine
著者: Zhao, H. / Finch, C.J. / Sequeira, R.D. / Johnson, B.A. / Johnson, J.E. / Casjens, S.R. / Tang, L.
履歴
登録2009年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gene 1 protein
B: Gene 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7182
ポリマ－31,7182
非ポリマー00
水4,576254
1
A: Gene 1 protein
B: Gene 1 protein

A: Gene 1 protein
B: Gene 1 protein

A: Gene 1 protein
B: Gene 1 protein

A: Gene 1 protein
B: Gene 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,8728
ポリマ－126,8728
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area32030 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area44010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.858, 88.858, 72.631
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Gene 1 protein


分子量: 15859.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage Sf6 (ファージ)
遺伝子: gp1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q716H4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.2M NaH2PO4/0.8M K2HPO4, 0.2M Li2SO4, 5% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-111.02462
シンクロトロンSSRL BL7-120.9791
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2009年2月26日flat mirrors
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2009年2月26日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Side scattering bent cube-root I-beam single crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2side scattering I-beam bent single crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.024621
20.97911
Reflection冗長度: 7.2 % / Av σ(I) over netI: 107.12 / 数: 176519 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.8 / D res high: 1.86 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 24582 / % possible obs: 98.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.015094.310.044.926.8
3.184.019810.0462.8277
2.783.1898.610.0612.0657.2
2.522.789910.0691.3657.2
2.342.5299.310.0811.1677.2
2.212.3499.410.1221.317.3
2.092.2199.510.1581.0657.3
22.0999.610.2391.1887.3
1.93299.810.361.047.2
1.861.9399.910.5061.1577.3
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 35754 / Num. obs: 35647 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 28.4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.925 / Net I/σ(I): 107.121
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 28.6 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Num. unique all: 3521 / Χ2: 1.223 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing dmFOM : 0.57 / FOM acentric: 0.56 / FOM centric: 0.61 / 反射: 24251 / Reflection acentric: 21281 / Reflection centric: 2970
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.3-39.7050.930.950.91075756319
3.3-5.30.930.930.8932952716579
2.7-3.30.80.810.7541273580547
2.3-2.70.620.630.5641093650459
2-2.30.410.420.3872486548700
1.9-20.190.190.1743974031366

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE2.13位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.851 / σ(F): 1037 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1665 4.7 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all-35552 --
obs-33097 93.1 %-
溶媒の処理Bsol: 63.494 Å2
原子変位パラメータBiso max: 95.21 Å2 / Biso mean: 35.237 Å2 / Biso min: 11.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.895 Å20 Å20 Å2
2---3.895 Å20 Å2
3---7.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1979 0 0 254 2233
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2192
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3092.5
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.019
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 257 -
Rwork0.265 --
obs-4989 90.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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