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- PDB-3he5: Heterospecific coiled-coil pair SYNZIP2:SYNZIP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3he5
タイトルHeterospecific coiled-coil pair SYNZIP2:SYNZIP1
要素
  • SYNZIP1
  • SYNZIP2
キーワードDE NOVO PROTEIN / heterodimeric coiled-coil
機能・相同性Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Reinke, A.W. / Grant, R.A. / Keating, A.E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: A synthetic coiled-coil interactome provides heterospecific modules for molecular engineering.
著者: Reinke, A.W. / Grant, R.A. / Keating, A.E.
履歴
登録2009年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYNZIP1
B: SYNZIP2
C: SYNZIP1
D: SYNZIP2
E: SYNZIP1
F: SYNZIP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3206
ポリマ－35,3206
非ポリマー00
水2,108117
1
A: SYNZIP1
B: SYNZIP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7732
ポリマ－11,7732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area7120 Å2
手法PISA
2
C: SYNZIP1
D: SYNZIP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7732
ポリマ－11,7732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area7070 Å2
手法PISA
3
E: SYNZIP1
F: SYNZIP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7732
ポリマ－11,7732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area7080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.905, 49.905, 113.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質・ペプチド SYNZIP1


分子量: 5659.444 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / プラスミド: pSV282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP3098
#2: タンパク質 SYNZIP2


分子量: 6113.897 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / プラスミド: pSV282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP3098
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 45% MPD, 100mM TRIS, 160 mM ammonium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年4月19日 / 詳細: VariMaxHR
放射モノクロメーター: VariMaxHR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.392
反射解像度: 1.75→28.43 Å / Num. obs: 31354 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.038 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 42.868
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Num. unique all: 2903 / Χ2: 0.53 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→28.43 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.663 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1598 5.1 %
Rwork0.19 --
obs0.192 31325 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.126 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 63.98 Å2 / Biso mean: 33.214 Å2 / Biso min: 20.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.538 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.538 Å2-0 Å2
3----9.076 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→28.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2317 0 0 117 2434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8123090
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.797950
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.75-1.7860.328880.33616391727
1.786-1.8280.321130.30217911904
1.828-1.8730.29900.30918991989
1.873-1.9240.2921020.27918971999
1.924-1.9810.288860.28319021988
1.981-2.0450.2771030.26318591962
2.045-2.1180.2661000.24918931993
2.118-2.2030.2731000.23419092009
2.203-2.3030.2421030.22518751978
2.303-2.4240.2851050.22219032008
2.424-2.5760.2531060.21618761982
2.576-2.7740.2171020.20219052007
2.774-3.0530.2211020.18618851987
3.053-3.4950.1931050.16418841989
3.495-4.40.148920.11218281920
4.4-28.4320.266900.17417931883

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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