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- PDB-3he1: Secreted protein Hcp3 from Pseudomonas aeruginosa. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3he1
タイトルSecreted protein Hcp3 from Pseudomonas aeruginosa.
要素Major exported Hcp3 protein
キーワードstructural genomics / unknown function / APC22128 / Hcp3 / HcpC / secretion / virulence / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Secreted
機能・相同性Hcp1-like / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Pnp Oxidase; Chain A / Roll / extracellular region / Mainly Beta / Major exported protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.098 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of secretory protein Hcp3 from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Osipiuk, J. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major exported Hcp3 protein
B: Major exported Hcp3 protein
C: Major exported Hcp3 protein
D: Major exported Hcp3 protein
E: Major exported Hcp3 protein
F: Major exported Hcp3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,2118
ポリマ－132,0276
非ポリマー1842
水13,115728
1
A: Major exported Hcp3 protein
B: Major exported Hcp3 protein

A: Major exported Hcp3 protein
B: Major exported Hcp3 protein

A: Major exported Hcp3 protein
B: Major exported Hcp3 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,0276
ポリマ－132,0276
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area14140 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area32160 Å2
手法PISA
2
C: Major exported Hcp3 protein
D: Major exported Hcp3 protein
ヘテロ分子

C: Major exported Hcp3 protein
D: Major exported Hcp3 protein
ヘテロ分子

C: Major exported Hcp3 protein
D: Major exported Hcp3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,3039
ポリマ－132,0276
非ポリマー2763
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area14720 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area32030 Å2
手法PISA
3
E: Major exported Hcp3 protein
F: Major exported Hcp3 protein
ヘテロ分子

E: Major exported Hcp3 protein
F: Major exported Hcp3 protein
ヘテロ分子

E: Major exported Hcp3 protein
F: Major exported Hcp3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,3039
ポリマ－132,0276
非ポリマー2763
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area14500 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area32130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.219, 141.219, 105.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number149
Space group name H-MP312
詳細hexamer formed by subunits A and B and their symmetry related molecules

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要素

#1: タンパク質
Major exported Hcp3 protein / Secreted protein hcp


分子量: 22004.506 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: hcpC, PA0263 / プラスミド: pET15b modified / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HI36
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 728 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-Tris buffer, 3.2 M sodium chloride, chymotrypsin partial digestion in crystallization droplet, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月17日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,h+k,l / Fraction: 0.509
反射解像度: 2.098→39.8 Å / Num. all: 69851 / Num. obs: 69851 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 2.01 / Net I/σ(I): 28.392
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / Num. unique all: 3473 / Χ2: 1.439 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.098→39.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.619 / σ(F): 1.89 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: twinned crystal, twin fraction: 0.51, twin operator: -k,h+k,l. PHENIX program treats Friedel pairs as two separate reflections, which generate bigger number of reflections used in refinement ...詳細: twinned crystal, twin fraction: 0.51, twin operator: -k,h+k,l. PHENIX program treats Friedel pairs as two separate reflections, which generate bigger number of reflections used in refinement than in data collection.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 6053 5.35 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.216 69851 --
obs0.216 -82.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.392 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 108.24 Å2 / Biso mean: 32.74 Å2 / Biso min: 7.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.398 Å20 Å20 Å2
2---4.398 Å2-0 Å2
3---8.573 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.098→39.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6909 0 12 728 7649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1899704
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761110
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7452478
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.099-2.1350.3323080.2659766284
2.135-2.1740.3343140.25859456259
2.174-2.2150.3013320.25259116243
2.215-2.260.2993260.25160066332
2.26-2.310.3172970.25256065903
2.31-2.3630.273090.24358956204
2.363-2.4220.2743070.23456345941
2.422-2.4880.2732890.23856885977
2.488-2.5610.3133260.24654765802
2.561-2.6440.2412670.23455045771
2.644-2.7380.2882780.2353295607
2.738-2.8480.2722450.21854005645
2.848-2.9770.3082900.21950985388
2.977-3.1340.2372570.19149385195
3.134-3.3310.1982520.18247154967
3.331-3.5880.1832270.16145124739
3.588-3.9480.1892410.15548295070
3.948-4.5190.1632540.14248755129
4.519-5.6910.232830.17748845167
5.691-39.8520.4752660.38653565622

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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