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- PDB-3hdl: Crystal Structure of Highly Glycosylated Peroxidase from Royal Pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hdl
タイトルCrystal Structure of Highly Glycosylated Peroxidase from Royal Palm Tree
要素Royal Palm Tree Peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxidase / palm tree / Glycosylated
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Plant peroxidase / Secretory peroxidase / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Plant peroxidase / Secretory peroxidase / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HYDROGEN PEROXIDE / Peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Roystonea regia (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Watanabe, L. / Moura, P.R. / Bleicher, L. / Nascimento, A.S. / Zamorano, L.S. / Calvete, J.J. / Bursakov, S. / Roig, M.G. / Shnyrov, V.L. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and statistical coupling analysis of highly glycosylated peroxidase from royal palm tree (Roystonea regia).
著者: Watanabe, L. / de Moura, P.R. / Bleicher, L. / Nascimento, A.S. / Zamorano, L.S. / Calvete, J.J. / Sanz, L. / Perez, A. / Bursakov, S. / Roig, M.G. / Shnyrov, V.L. / Polikarpov, I.
履歴
登録2009年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Royal Palm Tree Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,93239
ポリマ－31,8751
非ポリマー8,05738
水10,557586
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.821, 117.821, 93.447
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-621-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Royal Palm Tree Peroxidase


分子量: 31874.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Roystonea regia (植物)
参照: UniProt: D1MPT2*PLUS, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ

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糖 , 6種, 9分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)][beta-D-xylofuranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)][beta-D-xylofuranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1189.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2[DManpa1-3][DXylfb1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a212h-1b_1-4]/1-2-1-3-3-3-4/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d2-e1_d3-f1_d6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Xylf]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2[DManpa1-3]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-3-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d2-e1_d3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#13: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 7種, 615分子

#7: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#10: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#11: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5 and 2.6 M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.42 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.42 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→44.78 Å / Num. all: 64103 / Num. obs: 64039 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→44.779 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 3241 5.07 %random
Rwork0.1765 ---
obs0.177 63971 99.82 %-
all-64086 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.685 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 520 586 3335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.969
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.8780.23611530.23732613X-RAY DIFFRACTION99
1.878-1.90740.21271480.22012602X-RAY DIFFRACTION100
1.9074-1.93860.24721380.21382602X-RAY DIFFRACTION100
1.9386-1.97210.25231260.20332628X-RAY DIFFRACTION100
1.9721-2.00790.18771400.19022636X-RAY DIFFRACTION100
2.0079-2.04660.19971480.17232590X-RAY DIFFRACTION100
2.0466-2.08830.19461530.17032623X-RAY DIFFRACTION100
2.0883-2.13370.17621610.16682570X-RAY DIFFRACTION100
2.1337-2.18340.2081290.16642676X-RAY DIFFRACTION100
2.1834-2.2380.19151280.16962598X-RAY DIFFRACTION100
2.238-2.29850.22071310.16722630X-RAY DIFFRACTION100
2.2985-2.36610.17921370.16872644X-RAY DIFFRACTION100
2.3661-2.44250.20871320.16342647X-RAY DIFFRACTION100
2.4425-2.52980.15771550.16852610X-RAY DIFFRACTION100
2.5298-2.6310.18691300.16462657X-RAY DIFFRACTION100
2.631-2.75080.17581420.17072639X-RAY DIFFRACTION100
2.7508-2.89580.19591350.18022658X-RAY DIFFRACTION100
2.8958-3.07720.181430.18052661X-RAY DIFFRACTION100
3.0772-3.31470.17691500.16382625X-RAY DIFFRACTION100
3.3147-3.64810.1711530.15522659X-RAY DIFFRACTION100
3.6481-4.17570.13251420.13492702X-RAY DIFFRACTION100
4.1757-5.25960.14621420.15192695X-RAY DIFFRACTION100
5.2596-44.79210.21331250.19542765X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5280.25820.8540.6843-0.20150.6484-0.12330.02990.04110.06680.1148-0.114-0.04590.1743-0.02890.24080.0456-0.00150.3231-0.04240.23175.857453.673618.3251
20.2033-0.0664-0.4348-0.4010.13170.8352-0.35350.21830.1364-0.12480.06660.156-0.57570.10950.13180.4398-0.0793-0.08560.33920.0460.4071.795771.84867.1326
30.6250.07560.41450.0103-0.00410.732-0.2051-0.00310.22180.04160.14440.0035-0.19880.12310.03630.2858-0.0096-0.02590.2937-0.0210.26340.878862.458915.602
4-0.24520.057-0.02970.040.04730.0709-0.02860.07450.7409-0.2307-0.18210.2031-0.01440.14690.10260.2377-0.0078-0.01880.3769-0.04680.376815.459161.896819.7687
51.2940.22920.28110.43540.22760.0637-0.10210.1249-0.0756-0.05840.1045-0.10220.1060.2006-0.00490.25050.01630.01160.3122-0.03010.22732.215550.90339.967
61.1595-0.57780.63952.0725-0.54880.870.19030.2318-0.188-0.2019-0.0598-0.11880.12270.3315-0.07440.3195-0.0130.080.3972-0.10840.30063.630145.7302-0.1345
71.18840.7295-0.14840.59360.16960.3883-0.07330.1329-0.077-0.1280.11970.05210.00120.0007-0.04450.242300.00910.22960.00420.2357-17.093745.42358.6431
80.29130.03860.1389-0.2378-0.0610.58240.04580.1523-0.6766-0.01030.1759-0.25080.18610.20030.01970.40670.02910.01180.2778-0.19730.4248-7.924832.12130.206
91.6518-1.05330.64060.1294-0.58561.509-0.0151-0.0495-0.6534-0.08310.1098-0.04910.33320.2087-0.09110.28010.07240.01260.2641-0.04850.3773-1.014835.591613.2072
100.17850.03980.31320.2364-0.12470.211-0.21590.30580.0398-0.03110.107-0.1454-0.11070.32560.1260.2623-0.0599-0.01030.388-0.02630.325113.025261.285510.7078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:54)A1 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 55:60)A55 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 61:91)A61 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 92:97)A92 - 97
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 98:151)A98 - 151
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 152:156)A152 - 156
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 157:253)A157 - 253
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 254:259)A254 - 259
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 260:283)A260 - 283
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 284:304)A284 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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