PDB-3hdf: Crystal structure of truncated endolysin R21 from phage 21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hdf

タイトル

Crystal structure of truncated endolysin R21 from phage 21

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / lysozyme-like / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase / Late protein

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage P21 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sun, Q. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Regulation of a muralytic enzyme by dynamic membrane topology.
著者: Sun, Q. / Kuty, G.F. / Arockiasamy, A. / Xu, M. / Young, R. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2009年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hdf.cif.gz	75.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hdf.ent.gz	55.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hdf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hdf_validation.pdf.gz	466.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hdf_full_validation.pdf.gz	470 KB	表示
XML形式データ	3hdf_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	3hdf_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hdf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hdf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hdeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1irj-3 1oqj-d 5glf-4 6dbp-d 1woz-d 4jrr-2 5m33-d 5m3d-1 2ou9-d 1cvj-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (3) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (4) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Lysozyme

B: Lysozyme

ヘテロ分子

32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysozyme

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysozyme

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.190, 109.673, 45.015
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin 分子量: 15738.151 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-165 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P21 (ファージ) 遺伝子: R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27359, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	ACCORDING TO THE AUTHORS RESIDUES PHE 105 AND VAL 106 ARE CORRECT IN THE PDB FILE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100mM Bis-Tris propane, 2.5M sodium nitrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 120 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9796 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月29日
詳細: Si(111) Double Crystal Monochromator. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9796 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 35740 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Χ²: 1.14 / Net I/σ(I): 44.163

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.76	6.1	0.372	3488	0.856	1	100
1.76-1.83	6.1	0.275	3542	0.915	1	100
1.83-1.91	6.1	0.194	3528	1.032	1	100
1.91-2.02	6.1	0.133	3523	1.217	1	100
2.02-2.14	6.1	0.1	3547	1.398	1	100
2.14-2.31	6.1	0.068	3542	1.268	1	100
2.31-2.54	6.2	0.05	3572	1.087	1	100
2.54-2.91	6.1	0.048	3593	1.496	1	100
2.91-3.66	6.1	0.03	3620	1.264	1	100
3.66-50	5.8	0.02	3785	0.851	1	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→34.793 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.801 / 立体化学のターゲット値: ml

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	1820	5.1 %
R_work	0.2	33895	-
obs	-	35715	99.84 %

溶媒の処理

B_sol: 63.425 Å² / k_sol: 0.39 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.53 Å² / B_iso mean: 28.309 Å² / B_iso min: 12.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.423 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.344 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.821 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.793 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2073	0	76	310	2459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.647	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.369	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.065	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
1.7-1.708	0.247	486	X-RAY DIFFRACTION	68	94
1.708-1.717	0.254	485	X-RAY DIFFRACTION	68	95
1.717-1.726	0.251	517	X-RAY DIFFRACTION	68	96
1.726-1.735	0.246	497	X-RAY DIFFRACTION	68	95
1.735-1.744	0.228	487	X-RAY DIFFRACTION	68	95
1.744-1.753	0.241	475	X-RAY DIFFRACTION	68	96
1.753-1.763	0.228	471	X-RAY DIFFRACTION	68	95
1.763-1.772	0.244	503	X-RAY DIFFRACTION	68	94
1.772-1.782	0.227	516	X-RAY DIFFRACTION	68	96
1.782-1.793	0.224	484	X-RAY DIFFRACTION	68	94
1.793-1.803	0.243	491	X-RAY DIFFRACTION	68	96
1.803-1.814	0.21	484	X-RAY DIFFRACTION	68	95
1.814-1.825	0.225	480	X-RAY DIFFRACTION	68	93
1.825-1.836	0.221	497	X-RAY DIFFRACTION	68	96
1.836-1.847	0.204	498	X-RAY DIFFRACTION	68	96
1.847-1.859	0.228	476	X-RAY DIFFRACTION	68	96
1.859-1.871	0.223	525	X-RAY DIFFRACTION	68	95
1.871-1.883	0.221	498	X-RAY DIFFRACTION	68	96
1.883-1.896	0.222	487	X-RAY DIFFRACTION	68	95
1.896-1.909	0.211	477	X-RAY DIFFRACTION	68	95
1.909-1.923	0.207	479	X-RAY DIFFRACTION	68	94
1.923-1.936	0.202	485	X-RAY DIFFRACTION	68	95
1.936-1.951	0.202	524	X-RAY DIFFRACTION	68	94
1.951-1.965	0.206	484	X-RAY DIFFRACTION	68	96
1.965-1.981	0.19	479	X-RAY DIFFRACTION	68	94
1.981-1.996	0.201	495	X-RAY DIFFRACTION	68	95
1.996-2.012	0.195	512	X-RAY DIFFRACTION	68	95
2.012-2.029	0.199	465	X-RAY DIFFRACTION	68	95
2.029-2.046	0.19	502	X-RAY DIFFRACTION	68	94
2.046-2.064	0.185	491	X-RAY DIFFRACTION	68	94
2.064-2.082	0.195	497	X-RAY DIFFRACTION	68	95
2.082-2.101	0.189	468	X-RAY DIFFRACTION	68	94
2.101-2.121	0.2	508	X-RAY DIFFRACTION	68	96
2.121-2.142	0.19	497	X-RAY DIFFRACTION	68	93
2.142-2.163	0.2	483	X-RAY DIFFRACTION	68	95
2.163-2.185	0.174	490	X-RAY DIFFRACTION	68	95
2.185-2.209	0.181	486	X-RAY DIFFRACTION	68	94
2.209-2.233	0.196	501	X-RAY DIFFRACTION	68	94
2.233-2.258	0.186	501	X-RAY DIFFRACTION	68	96
2.258-2.285	0.188	497	X-RAY DIFFRACTION	68	95
2.285-2.313	0.183	496	X-RAY DIFFRACTION	68	96
2.313-2.342	0.192	484	X-RAY DIFFRACTION	68	94
2.342-2.373	0.192	525	X-RAY DIFFRACTION	68	95
2.373-2.405	0.191	488	X-RAY DIFFRACTION	68	96
2.405-2.44	0.197	494	X-RAY DIFFRACTION	68	94
2.44-2.476	0.187	500	X-RAY DIFFRACTION	68	95
2.476-2.515	0.192	504	X-RAY DIFFRACTION	68	95
2.515-2.556	0.2	488	X-RAY DIFFRACTION	68	96
2.556-2.6	0.196	510	X-RAY DIFFRACTION	68	95
2.6-2.647	0.213	508	X-RAY DIFFRACTION	68	96
2.647-2.698	0.197	506	X-RAY DIFFRACTION	68	96
2.698-2.753	0.217	483	X-RAY DIFFRACTION	68	94
2.753-2.813	0.213	520	X-RAY DIFFRACTION	68	93
2.813-2.879	0.208	476	X-RAY DIFFRACTION	68	94
2.879-2.951	0.192	513	X-RAY DIFFRACTION	68	96
2.951-3.03	0.199	512	X-RAY DIFFRACTION	68	95
3.03-3.119	0.199	500	X-RAY DIFFRACTION	68	95
3.119-3.22	0.176	510	X-RAY DIFFRACTION	68	95
3.22-3.335	0.193	489	X-RAY DIFFRACTION	68	94
3.335-3.468	0.177	535	X-RAY DIFFRACTION	68	96
3.468-3.626	0.165	502	X-RAY DIFFRACTION	68	96
3.626-3.817	0.148	516	X-RAY DIFFRACTION	68	95
3.817-4.056	0.155	506	X-RAY DIFFRACTION	68	93
4.056-4.369	0.164	509	X-RAY DIFFRACTION	68	94
4.369-4.807	0.186	507	X-RAY DIFFRACTION	68	93
4.807-5.5	0.194	533	X-RAY DIFFRACTION	68	96
5.5-6.921	0.253	541	X-RAY DIFFRACTION	68	96
6.921-34.801	0.253	562	X-RAY DIFFRACTION	68	91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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