PDB-3hde: Crystal structure of full-length endolysin R21 from phage 21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hde

タイトル

Crystal structure of full-length endolysin R21 from phage 21

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / lysozyme-like / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase / Late protein

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage P21 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Sun, Q. / Arockiasamy, A. / McKee, E. / Caronna, E. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Regulation of a muralytic enzyme by dynamic membrane topology.
著者: Sun, Q. / Kuty, G.F. / Arockiasamy, A. / Xu, M. / Young, R. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2009年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hde.cif.gz	139.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hde.ent.gz	109.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hdfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1d5r-d 3f4a-d 2qrj-d 3dmf-d 5b1z-d 2zwv-d 1tfa-d 2zul-d 5bzx-2 4n9w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (3) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (4) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Lysozyme

B: Lysozyme

C: Lysozyme

D: Lysozyme

72.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysozyme

B: Lysozyme

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Lysozyme

D: Lysozyme

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.249, 94.814, 97.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin 分子量: 18039.926 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P21 (ファージ) 遺伝子: R / プラスミド: pETR21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P27359, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	ACCORDING TO THE AUTHORS RESIDUES PHE 105 AND VAL 106 ARE CORRECT IN THE PDB FILE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 150mM Sodium acetate, 2M sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月29日詳細: Si(111) Double Crystal Monochromator. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 53709 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.21 / Net I/σ(I): 45.0787
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 4.0351 / Num. unique all: 1937 / Χ²: 0.849 / % possible all: 98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95→43.41 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.771 / 立体化学のターゲット値: ml

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	1552	3.06 %
R_work	0.212	-	-
obs	-	50721	94.6 %

溶媒の処理

B_sol: 61.62 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.73 Å² / B_iso mean: 40.995 Å² / B_iso min: 21.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-17.673 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	9.626 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.047 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4916	0	0	365	5281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.977
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.056

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
1.95-1.957	0.266	425	X-RAY DIFFRACTION	98	74
1.957-1.964	0.267	410	X-RAY DIFFRACTION	98	79
1.964-1.97	0.295	389	X-RAY DIFFRACTION	98	74
1.97-1.977	0.263	407	X-RAY DIFFRACTION	98	77
1.977-1.984	0.261	449	X-RAY DIFFRACTION	98	80
1.984-1.992	0.254	435	X-RAY DIFFRACTION	98	81
1.992-1.999	0.259	427	X-RAY DIFFRACTION	98	80
1.999-2.006	0.23	448	X-RAY DIFFRACTION	98	80
2.006-2.014	0.261	446	X-RAY DIFFRACTION	98	83
2.014-2.021	0.259	433	X-RAY DIFFRACTION	98	83
2.021-2.029	0.245	461	X-RAY DIFFRACTION	98	84
2.029-2.037	0.271	433	X-RAY DIFFRACTION	98	80
2.037-2.045	0.233	449	X-RAY DIFFRACTION	98	84
2.045-2.053	0.237	469	X-RAY DIFFRACTION	98	86
2.053-2.061	0.249	483	X-RAY DIFFRACTION	98	89
2.061-2.069	0.228	466	X-RAY DIFFRACTION	98	88
2.069-2.078	0.243	462	X-RAY DIFFRACTION	98	86
2.078-2.086	0.229	459	X-RAY DIFFRACTION	98	87
2.086-2.095	0.231	482	X-RAY DIFFRACTION	98	87
2.095-2.104	0.221	466	X-RAY DIFFRACTION	98	85
2.104-2.113	0.22	458	X-RAY DIFFRACTION	98	88
2.113-2.122	0.238	508	X-RAY DIFFRACTION	98	88
2.122-2.132	0.227	443	X-RAY DIFFRACTION	98	88
2.132-2.141	0.234	476	X-RAY DIFFRACTION	98	89
2.141-2.151	0.237	501	X-RAY DIFFRACTION	98	88
2.151-2.161	0.231	486	X-RAY DIFFRACTION	98	89
2.161-2.171	0.246	470	X-RAY DIFFRACTION	98	89
2.171-2.181	0.241	487	X-RAY DIFFRACTION	98	91
2.181-2.192	0.226	482	X-RAY DIFFRACTION	98	89
2.192-2.203	0.237	478	X-RAY DIFFRACTION	98	88
2.203-2.214	0.235	485	X-RAY DIFFRACTION	98	90
2.214-2.225	0.243	503	X-RAY DIFFRACTION	98	93
2.225-2.236	0.222	499	X-RAY DIFFRACTION	98	90
2.236-2.248	0.215	487	X-RAY DIFFRACTION	98	92
2.248-2.259	0.236	475	X-RAY DIFFRACTION	98	90
2.259-2.272	0.225	501	X-RAY DIFFRACTION	98	89
2.272-2.284	0.24	494	X-RAY DIFFRACTION	98	93
2.284-2.296	0.225	486	X-RAY DIFFRACTION	98	92
2.296-2.309	0.231	530	X-RAY DIFFRACTION	98	92
2.309-2.322	0.216	489	X-RAY DIFFRACTION	98	93
2.322-2.336	0.23	489	X-RAY DIFFRACTION	98	91
2.336-2.35	0.221	484	X-RAY DIFFRACTION	98	92
2.35-2.364	0.213	536	X-RAY DIFFRACTION	98	94
2.364-2.378	0.227	495	X-RAY DIFFRACTION	98	93
2.378-2.393	0.228	506	X-RAY DIFFRACTION	98	95
2.393-2.409	0.231	508	X-RAY DIFFRACTION	98	91
2.409-2.424	0.23	509	X-RAY DIFFRACTION	98	93
2.424-2.44	0.238	520	X-RAY DIFFRACTION	98	93
2.44-2.457	0.24	499	X-RAY DIFFRACTION	98	94
2.457-2.474	0.237	496	X-RAY DIFFRACTION	98	94
2.474-2.491	0.223	509	X-RAY DIFFRACTION	98	94
2.491-2.509	0.225	514	X-RAY DIFFRACTION	98	91
2.509-2.527	0.217	516	X-RAY DIFFRACTION	98	96
2.527-2.546	0.234	505	X-RAY DIFFRACTION	98	95
2.546-2.566	0.219	542	X-RAY DIFFRACTION	98	95
2.566-2.586	0.219	484	X-RAY DIFFRACTION	98	95
2.586-2.607	0.23	530	X-RAY DIFFRACTION	98	95
2.607-2.629	0.237	518	X-RAY DIFFRACTION	98	95
2.629-2.651	0.233	509	X-RAY DIFFRACTION	98	95
2.651-2.674	0.236	529	X-RAY DIFFRACTION	98	95
2.674-2.698	0.23	532	X-RAY DIFFRACTION	98	97
2.698-2.723	0.214	527	X-RAY DIFFRACTION	98	96
2.723-2.748	0.24	503	X-RAY DIFFRACTION	98	95
2.748-2.775	0.228	526	X-RAY DIFFRACTION	98	95
2.775-2.803	0.236	540	X-RAY DIFFRACTION	98	95
2.803-2.832	0.226	489	X-RAY DIFFRACTION	98	96
2.832-2.862	0.231	531	X-RAY DIFFRACTION	98	96
2.862-2.893	0.234	540	X-RAY DIFFRACTION	98	96
2.893-2.926	0.221	517	X-RAY DIFFRACTION	98	96
2.926-2.961	0.212	537	X-RAY DIFFRACTION	98	96
2.961-2.997	0.211	512	X-RAY DIFFRACTION	98	96
2.997-3.034	0.226	526	X-RAY DIFFRACTION	98	97
3.034-3.074	0.229	540	X-RAY DIFFRACTION	98	96
3.074-3.116	0.217	521	X-RAY DIFFRACTION	98	97
3.116-3.161	0.235	539	X-RAY DIFFRACTION	98	96
3.161-3.208	0.225	518	X-RAY DIFFRACTION	98	97
3.208-3.258	0.214	548	X-RAY DIFFRACTION	98	97
3.258-3.312	0.221	522	X-RAY DIFFRACTION	98	97
3.312-3.369	0.208	517	X-RAY DIFFRACTION	98	95
3.369-3.43	0.21	543	X-RAY DIFFRACTION	98	97
3.43-3.496	0.221	545	X-RAY DIFFRACTION	98	96
3.496-3.567	0.205	529	X-RAY DIFFRACTION	98	96
3.567-3.645	0.182	533	X-RAY DIFFRACTION	98	97
3.645-3.73	0.187	546	X-RAY DIFFRACTION	98	97
3.73-3.823	0.172	523	X-RAY DIFFRACTION	98	96
3.823-3.926	0.183	544	X-RAY DIFFRACTION	98	96
3.926-4.042	0.186	530	X-RAY DIFFRACTION	98	97
4.042-4.172	0.173	538	X-RAY DIFFRACTION	98	97
4.172-4.321	0.184	546	X-RAY DIFFRACTION	98	97
4.321-4.494	0.2	541	X-RAY DIFFRACTION	98	97
4.494-4.698	0.169	541	X-RAY DIFFRACTION	98	97
4.698-4.945	0.191	549	X-RAY DIFFRACTION	98	97
4.945-5.255	0.182	548	X-RAY DIFFRACTION	98	97
5.255-5.66	0.204	551	X-RAY DIFFRACTION	98	97
5.66-6.228	0.205	549	X-RAY DIFFRACTION	98	97
6.228-7.125	0.205	565	X-RAY DIFFRACTION	98	97
7.125-8.964	0.178	566	X-RAY DIFFRACTION	98	97
8.964-43.418	0.188	562	X-RAY DIFFRACTION	98	89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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