PDB-3hd6: Crystal Structure of the Human Rhesus Glycoprotein RhCG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hd6

タイトル

Crystal Structure of the Human Rhesus Glycoprotein RhCG

要素

Ammonium transporter Rh type C

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / ammonia / channel / rhesus / glycoprotein / transporter / membrane / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / Ammonia transport / Cell membrane / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

amine transport / Rhesus glycoproteins mediate ammonium transport / transepithelial ammonium transport / carbon dioxide transmembrane transporter activity / ammonium homeostasis / ammonium transmembrane transport / intracellular monoatomic ion homeostasis / ammonium channel activity / regulation of pH / ankyrin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Gruswitz, F. / Chaudhary, S. / Ho, J.D. / Pezeshki, B. / Ho, C.-M. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Function of human Rh based on structure of RhCG at 2.1 A.
著者: Gruswitz, F. / Chaudhary, S. / Ho, J.D. / Schlessinger, A. / Pezeshki, B. / Ho, C.M. / Sali, A. / Westhoff, C.M. / Stroud, R.M.

履歴

登録	2009年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2021年3月31日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3hd6.ent.gz	73 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3hd6_full_validation.pdf.gz	592.8 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hd6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3b9wS 1u7g 2b2h 2ns1 3b9z 3bhs S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6zat-1 5aid-1 2bp8-1 6zar-1 6zav-1 5ony-1 4gvr-d 6kng-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 1681S

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ammonium transporter Rh type C

ヘテロ分子

54.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ammonium transporter Rh type C

ヘテロ分子

A: Ammonium transporter Rh type C

ヘテロ分子

A: Ammonium transporter Rh type C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.830, 99.830, 101.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-593- HOH
2	1	A-594- HOH
3	1	A-598- HOH

詳細

The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the threefold symmetry axis

#1: タンパク質

Ammonium transporter Rh type C / Rhesus blood group family type C glycoprotein / Rh family type C glycoprotein / Rh type C ...

分子量: 54178.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: suspension growth of human endothelial kidney cells / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C15orf6, CDRC2, PDRC2, RHCG, RHGK / Plasmid details: stable transfection / プラスミド: pACMV-tetO-Rho / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBD6

#2: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris pH 8.5 (at 293K), 40% PEG 200 + 20mM Tris pH 7.4 (at 293K), 100mM NaCl, 40mM BOG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月8日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→86.39 Å / Num. all: 33464 / Num. obs: 33449 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.077 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 39.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / R_sym value: 0.637 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.4.0067	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3B9W

3b9w

解像度: 2.1→86.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.507 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19505	1695	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16837	-	-	-
obs	0.16973	31746	99.68 %	-
all	-	33464	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.109 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.69 Å²	0.34 Å²	0 Å²
2-	-	0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→86.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3163	0	20	116	3299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3265
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.018	1.941	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.87	3	5191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.133	5	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.159	23.188	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.602	15	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.676	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3608
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.429	1.5	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.095	1.5	832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.79	2	3185
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.204	3	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.881	4.5	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.097→2.152 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	136	-
R_work	0.198	2258	-
obs	-	-	95.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9585	0.1586	-0.456	0.9861	-0.5704	4.8534	-0.0598	-0.0425	-0.3746	-0.0573	-0.0755	-0.3673	0.4984	0.6309	0.1353	0.1617	0.1096	0.0014	0.2276	-0.0004	0.2554	23.299	38.804	39.325
2	10.266	-4.1796	2.3426	21.8641	-3.4277	23.2543	0.0449	-1.1515	-0.7316	1.5879	0.0971	0.109	0.2039	-0.0002	-0.142	0.4624	-0.0896	0.024	0.4384	0.0196	0.0978	6.651	51.229	63.678
3	0.6245	0.1699	-0.0915	1.4437	-0.5457	0.7859	0.0228	0.0213	-0.0359	0.0216	-0.0257	-0.1373	0.0713	0.1557	0.0029	0.1245	0.017	0.0019	0.1734	-0.0095	0.0732	13.5	53.099	40.231
4	4.5241	5.7775	-5.7027	14.2624	-10.3085	16.1609	0.1175	-0.1587	0.2694	0.8062	-0.3678	-0.4075	0.1433	0.3869	0.2503	0.2782	0.0538	-0.1034	0.3786	-0.0007	0.2093	26.971	46.569	60.63
5	2.8575	-5.4188	2.8912	11.1528	-7.6783	9.0003	-0.3363	-0.2084	0.0728	0.8465	0.2978	-0.2203	-0.5364	0.0733	0.0385	0.2695	0.0019	-0.1498	0.2377	-0.0065	0.1459	19.406	47.165	59.011
6	0.6495	-0.0537	0.331	1.4186	-0.0096	1.1439	0.0086	-0.0669	0.0069	0.1151	0.0433	-0.3348	-0.0365	0.3008	-0.0519	0.0887	0.0071	-0.0108	0.2369	-0.029	0.1323	26.088	58.098	42.554
7	42.3032	3.0853	10.0462	10.3573	2.2386	11.875	-0.1286	1.4378	0.5225	-0.6531	0.4294	-0.6853	0.0693	1.0234	-0.3008	0.2258	-0.008	0.1727	0.2923	0.0007	0.1788	27.479	60.416	16.701
8	1.4125	-0.2721	-0.5182	1.8514	0.7471	2.6248	-0.055	-0.0473	0.0748	0.1275	-0.0276	-0.1011	0.0494	0.0839	0.0826	0.1365	-0.0078	0.0064	0.1134	-0.0034	0.0876	9.05	64.224	40.069
9	1.1829	-0.0636	-0.4816	1.2143	-0.2793	0.8449	0.0054	0.0103	0.2973	0.0069	0.037	-0.237	-0.2022	0.2149	-0.0424	0.1835	-0.0412	0.0061	0.1342	-0.006	0.1259	13.881	76.302	39.761
10	1.5285	-0.3245	0.5205	1.644	0.1397	2.9064	-0.0074	0.0657	0.2313	-0.0856	0.0221	-0.412	-0.4059	0.2171	-0.0147	0.1207	-0.0646	0.0113	0.1791	-0.0248	0.1727	25.016	71.108	39.314
11	10.3492	-9.9689	-3.5673	37.0472	1.8558	7.7307	0.2309	-2.1899	0.24	0.9628	0.59	-0.8899	-0.2172	0.8298	-0.821	1.0324	-0.2821	-0.3035	0.8378	-0.1229	0.3122	29.86	78.396	66.405
12	4.8327	-5.0563	-4.0102	6.6993	5.6171	11.6024	-0.1407	-0.4381	0.4853	0.1121	0.4057	-0.8935	-0.7538	0.7989	-0.2649	0.2172	-0.0947	-0.1403	0.3569	-0.0364	0.3383	32.544	70.504	54.379
13	2.1066	-0.7966	-0.8114	13.2282	11.2834	12.2668	-0.1465	-0.0501	-0.0199	-0.1923	0.259	-0.3147	-0.1925	0.7304	-0.1124	0.0808	0.0322	0.0397	0.3337	-0.0269	0.2497	35.325	55.475	36.214
14	0.3126	-0.934	0.2189	3.2876	0.0584	1.909	0.0951	0.1239	0.0345	-0.3102	-0.0183	-0.2886	0.0538	0.4576	-0.0768	0.1705	0.0323	0.1053	0.3522	-0.0848	0.204	24.462	49.885	23.032
15	25.986	-6.7055	10.4339	2.2712	-1.8391	11.4409	0.5153	1.6243	-0.431	-0.4863	-0.5292	0.3495	0.3281	-0.0661	0.0139	0.4158	0.0118	-0.0656	0.3076	-0.077	0.2661	7.33	45.132	20.218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	60 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	108 - 114
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	115 - 128
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	129 - 201
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	202 - 207
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	208 - 247
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	248 - 329
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	330 - 360
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	361 - 387
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	388 - 404
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	405 - 417
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	418 - 435
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	436 - 443

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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