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- PDB-3hd4: MHV Nucleocapsid Protein NTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hd4
タイトルMHV Nucleocapsid Protein NTD
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Beta platform Beta hairpin / Golgi apparatus / Nucleus / Phosphoprotein / Ribonucleoprotein / RNA-binding / Transcription / Transcription regulation / Viral nucleoprotein / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Murine hepatitis virus (マウス肝炎ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 1.747 Å
データ登録者Giedroc, D.P. / Keane, S.C. / Dann III, C.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Coronavirus N Protein N-Terminal Domain (NTD) Specifically Binds the Transcriptional Regulatory Sequence (TRS) and Melts TRS-cTRS RNA Duplexes.
著者: Grossoehme, N.E. / Li, L. / Keane, S.C. / Liu, P. / Dann III, C.E. / Leibowitz, J.L. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2009年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5421
ポリマ－15,5421
非ポリマー00
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.160, 46.864, 71.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N / NC


分子量: 15542.068 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 60-197) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murine hepatitis virus (マウス肝炎ウイルス)
株: A59 / 遺伝子: N, 7a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P03416
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 30% PEG 1000, 50mM CAPSO, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月14日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→22.3 Å / Num. all: 12172 / Num. obs: 12133 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 25.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.747→22.273 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.864 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 1078 8.88 %
Rwork0.185 11055 -
obs0.189 12133 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.469 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.06 Å2 / Biso mean: 29.664 Å2 / Biso min: 11.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.509 Å20 Å2-0 Å2
2--0.198 Å2-0 Å2
3----1.707 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.747→22.273 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1046 0 0 121 1167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0871474
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.992374
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.747-1.8270.2781300.2191313144397
1.827-1.9230.2521220.2091379150199
1.923-2.0440.2441390.19413451484100
2.044-2.2010.2221400.17713561496100
2.201-2.4220.2361230.17913991522100
2.422-2.7730.2351440.18613691513100
2.773-3.4910.2031310.17714031534100
3.491-22.2750.1941490.1614911640100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.88721.56330.5919-0.1701-0.66361.56920.19160.02620.12730.0308-0.03520.19810.1465-0.1642-0.13720.1532-0.02560.02220.2088-0.01630.2035-7.8741-9.831412.0772
21.3646-0.3842-0.75230.17120.07940.5664-0.0179-0.01380.093-0.01520.0755-0.0567-0.11450.2044-0.07310.1602-0.0203-0.01750.1542-0.01940.19934.2641-3.31057.1865
30.48280.6411-1.09721.0385-0.14294.9410.0741-0.2088-0.04870.1097-0.08180.0507-0.25420.55250.07030.10250.0160.01210.16790.00780.1665-2.7999-1.140611.7004
46.9432-0.70223.01515.23667.966-0.9327-0.2511-1.540.2854-0.1273-0.1344-0.5151-0.989-0.07050.02750.51890.02230.03050.5860.18540.49981.5885-8.552933.6061
50.48470.1006-0.4743-0.69221.87551.2440.0611-0.5523-0.04980.20670.16780.19670.47270.1605-0.21290.25560.00990.03680.3572-0.01390.16992.7248-4.859323.5146
61.4696-0.45771.03671.629-0.0931.5935-0.02630.02050.0763-0.0408-0.01010.1499-0.1726-0.10070.03520.1520.02250.00250.1626-0.00880.177-5.86852.79175.4754
70.18830.83440.0891.9142-1.56790.9467-0.0632-0.01950.097-0.06060.28940.43170.0016-0.45-0.21650.1901-0.0097-0.00590.20270.02880.2309-13.4927-10.61176.5
85.88460.9708-2.03311.6635-0.65040.7822-0.3291-0.6502-0.4843-0.42470.0478-0.03210.17910.13120.21340.1850.01830.00820.19540.01540.1807-0.8402-15.54667.8835
9-0.04150.32890.44310.04860.44251.47230.0609-0.1151-0.1755-0.0047-0.1501-0.18440.02560.0210.07280.1714-0.03550.00920.1781-0.03390.18039.3269-6.36382.3489
103.5306-4.3339-0.8806-1.74391.32255.4771-0.16310.0758-0.2395-0.01350.1301-0.35120.5150.5068-0.04810.19040.041-0.01140.2767-0.01780.20169.3312-7.867513.6427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 64:70)A64 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 71:99)A71 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 100:108)A100 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 109:118)A109 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 119:127)A119 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 128:160)A128 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 161:172)A161 - 172
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 173:178)A173 - 178
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 179:185)A179 - 185
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 186:194)A186 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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