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万見
- PDB-3hcj: Structure of MsrB from Xanthomonas campestris (oxidized form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hcj
タイトルStructure of MsrB from Xanthomonas campestris (oxidized form)
要素Peptide methionine sulfoxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Methionine sulfoxide reductase B / Xanthomonas campestris / oxidized form
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / protein repair / response to oxidative stress / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Peptide methionine sulfoxide reductase. / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Ranaivoson, F.M. / Kauffmann, B. / Favier, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Methionine Sulfoxide Reductase B Displays a High Level of Flexibility.
著者: Ranaivoson, F.M. / Neiers, F. / Kauffmann, B. / Boschi-Muller, S. / Branlant, G. / Favier, F.
履歴
登録2009年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide methionine sulfoxide reductase
B: Peptide methionine sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8434
ポリマ－33,7122
非ポリマー1312
水8,143452
1
A: Peptide methionine sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9212
ポリマ－16,8561
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptide methionine sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9212
ポリマ－16,8561
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.197, 65.303, 57.957
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peptide methionine sulfoxide reductase / MsrB


分子量: 16855.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
遺伝子: msrb, xcc-b100_3837 / プラスミド: pSKMsrBXc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BE002
参照: UniProt: B0RWG5, UniProt: Q8P4Q6*PLUS, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8.5
詳細: 32 % PEG 4000, 0.8M LiCl, 0.1M TRIS-HCl pH 8.5, TRIS HCl pH 8, microbatch under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日
放射モノクロメーター: Triangular / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. all: 38869 / Num. obs: 38713 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化解像度: 1.66→43.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUE: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1925 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.203 38736 --
obs0.203 38391 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.17 Å2 / Biso mean: 23.174 Å2 / Biso min: 10.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→43.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 2 452 2886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9663442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9415321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.55623.033122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.7315363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8991523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0222048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8251.51589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44422576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0953925
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.274.5866
LS精密化 シェル解像度: 1.662→1.705 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 148 -
Rwork0.244 2573 -
all-2721 -
obs-2721 94.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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