PDB-3hc7: Crystal structure of lysin B from Mycobacteriophage D29

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hc7

タイトル

Crystal structure of lysin B from Mycobacteriophage D29

要素

Gene 12 protein

キーワード

CELL ADHESION / alpha/beta sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium phage D29 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Sun, Q. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2009
タイトル: Mycobacteriophage Lysin B is a novel mycolylarabinogalactan esterase
著者: Payne, K. / Sun, Q. / Sacchettini, J. / Hatfull, G.F.

履歴

登録	2009年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2016年3月16日	Group: Refinement description
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hc7.cif.gz	116.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hc7.ent.gz	92.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hc7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/3hc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/3hc7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mn5-2 4ewf-3 6s4n-1 1qd6-2 4mbh-d 5wqj-1 2pkw-d 4ewf-1 4mbf-d 5eoo-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Gene 12 protein

28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.530, 92.530, 69.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2001- HOH
2	1	A-2028- HOH
3	1	A-2030- HOH

#1: タンパク質	Gene 12 protein / Gp12 分子量: 28546.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium phage D29 (ファージ) 遺伝子: 12, gp12 / プラスミド: pLAM3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O64205
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化	温度: 290 K / pH: 8 詳細: 50mM Tris pH8, 20% PEG1000, 100mM Calcium Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月11日詳細: Si(111) Double Crystal Monochrometer. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 21027 / % possible obs: 99.8 %
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→41.38 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 立体化学のターゲット値: ml

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	1978	10 %
R_work	0.205	-	-
obs	-	19777	94.8 %

溶媒の処理

B_sol: 82.08 Å² / k_sol: 0.38 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.512 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.512 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.024 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1973	0	0	121	2094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.635
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.597
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.023	0.262	73	X-RAY DIFFRACTION	13
2.023-2.043	0.267	202	X-RAY DIFFRACTION	35
2.043-2.063	0.291	436	X-RAY DIFFRACTION	77
2.063-2.085	0.299	485	X-RAY DIFFRACTION	89
2.085-2.107	0.3	522	X-RAY DIFFRACTION	89
2.107-2.13	0.277	494	X-RAY DIFFRACTION	89
2.13-2.154	0.26	509	X-RAY DIFFRACTION	89
2.154-2.179	0.268	516	X-RAY DIFFRACTION	89
2.179-2.206	0.244	503	X-RAY DIFFRACTION	89
2.206-2.234	0.272	483	X-RAY DIFFRACTION	87
2.234-2.263	0.29	512	X-RAY DIFFRACTION	89
2.263-2.294	0.273	482	X-RAY DIFFRACTION	85
2.294-2.327	0.244	519	X-RAY DIFFRACTION	89
2.327-2.362	0.231	507	X-RAY DIFFRACTION	89
2.362-2.399	0.215	511	X-RAY DIFFRACTION	90
2.399-2.438	0.22	501	X-RAY DIFFRACTION	90
2.438-2.48	0.21	522	X-RAY DIFFRACTION	89
2.48-2.525	0.205	511	X-RAY DIFFRACTION	90
2.525-2.574	0.207	527	X-RAY DIFFRACTION	89
2.574-2.626	0.193	497	X-RAY DIFFRACTION	89
2.626-2.683	0.194	513	X-RAY DIFFRACTION	90
2.683-2.746	0.208	521	X-RAY DIFFRACTION	89
2.746-2.814	0.203	514	X-RAY DIFFRACTION	90
2.814-2.89	0.206	524	X-RAY DIFFRACTION	90
2.89-2.975	0.191	521	X-RAY DIFFRACTION	90
2.975-3.071	0.188	513	X-RAY DIFFRACTION	90
3.071-3.181	0.199	529	X-RAY DIFFRACTION	90
3.181-3.308	0.173	534	X-RAY DIFFRACTION	90
3.308-3.459	0.196	514	X-RAY DIFFRACTION	90
3.459-3.641	0.175	528	X-RAY DIFFRACTION	90
3.641-3.869	0.154	536	X-RAY DIFFRACTION	90
3.869-4.167	0.158	524	X-RAY DIFFRACTION	90
4.167-4.586	0.152	537	X-RAY DIFFRACTION	90
4.586-5.247	0.177	551	X-RAY DIFFRACTION	90
5.247-6.604	0.21	549	X-RAY DIFFRACTION	90
6.604-35.578	0.226	579	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 33.508 Å / Origin y: 18.9103 Å / Origin z: 22.0644 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4638 Å²	0.1943 Å²	-0.0104 Å²	-	0.2726 Å²	0.0065 Å²	-	-	0.129 Å²
L	2.1864 °²	-2.156 °²	-0.5771 °²	-	3.7345 °²	1.0531 °²	-	-	0.7645 °²
S	0.6922 Å °	0.5277 Å °	-0.0389 Å °	-1.0313 Å °	-0.6163 Å °	-0.0235 Å °	-0.2592 Å °	-0.2555 Å °	-0.0696 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain A

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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