PDB-3hc2: Crystal Structure of chicken sulfite oxidase mutant Tyr 322 Phe

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hc2

タイトル

Crystal Structure of chicken sulfite oxidase mutant Tyr 322 Phe

要素

sulfite oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / molybdenum / molybdopterin / sulfite oxidase / oxotransferase / metal binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Immunoglobulin-like - #650 / Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2 / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Qiu, J.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure function studies in sulfite oxidase with altered active sites
著者: Qiu, J.A. / Rajagopalan, K.V.

履歴

登録	2009年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hc2.cif.gz	90.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hc2.ent.gz	66.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hc2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/3hc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/3hc2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a99S 1sox 2a9a S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2a99-1 3r19-1 5y0m-d 5whr-d 3r18-1 2qq6-d 5xys-d 4gtr-d 4gis-d 5k6o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: sulfite oxidase

ヘテロ分子

51.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: sulfite oxidase

ヘテロ分子

A: sulfite oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.449, 86.449, 153.782
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-551- HOH

#1: タンパク質	sulfite oxidase 分子量: 50985.188 Da / 分子数: 1 / 変異: Y322F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: sulfite oxidase / プラスミド: pTRC99a rCSO Y322F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TP1000
#2: 化合物	ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン分子量: 395.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₆PS₂
#3: 化合物	ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン分子量: 95.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10% PEG 5000 MME, 100 mM Magnesium acetate, 100 mM Sodium Citrate pH5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97903 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月17日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→47.84 Å / Num. all: 19498 / Num. obs: 19498 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 39.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / R_sym value: 0.331 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0088	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2A99

2a99

解像度: 2.5→47.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 12.891 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22183	996	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17522	-	-	-
obs	0.17749	18487	99.88 %	-
all	-	19498	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.545 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.41 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2870	0	25	108	3003

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.369	1.967	4092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.034	5	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.005	22.29	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.776	15	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.831	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.022	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.58	1.5	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.115	2	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.843	3	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.102	4.5	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	75	-
R_work	0.25	1347	-
obs	-	-	99.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7287	0.3973	0.0578	2.2227	0.6944	3.2369	0.0096	0.0588	0.2397	-0.1947	-0.0257	0.1469	-0.9347	-0.1242	0.0161	0.3131	0.0911	0.0043	0.1326	0.0259	0.0405	2.77	28.078	-6.629
2	0.8394	0.1958	-0.5029	1.528	0.229	4.2194	0.0021	0.1127	0.063	-0.0234	-0.016	0.0172	-0.2724	-0.1019	0.0139	0.147	0.0273	-0.0073	0.2344	0.0127	0.0779	4.213	17.46	-8.778
3	0.9275	0.437	-0.605	1.7689	-0.2569	2.5769	0.0649	-0.2232	-0.0174	0.2312	-0.0835	-0.1245	-0.2484	0.3004	0.0186	0.1243	0.0134	-0.0104	0.2591	-0.0025	0.0561	4.351	11.554	3.523
4	1.8989	0.8179	0.0704	2.9905	0.1393	2.5131	0.0789	-0.1857	0.1399	0.566	-0.0169	0.4425	-0.1982	-0.4112	-0.062	0.1469	0.0521	0.0959	0.2723	-0.0187	0.1112	-8.798	8.181	11.875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	95 - 173
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	174 - 303
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	304 - 382
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	383 - 466

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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