PDB-4gis: crystal structure of an enolase family member from vibrio harveyi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gis

タイトル

crystal structure of an enolase family member from vibrio harveyi (efi-target 501692) with homology to mannonate dehydratase, with mg, glycerol and dicarboxylates bound (mixed loops, space group I4122)

要素

Enolase

キーワード

LYASE / ENOLASE / putative mannonate dehydratase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio harveyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an enolase family member from vibrio harveyi (efi-target 501692) with homology to mannonate dehydratase, with mg, glycerol and dicarboxylates bound (mixed loops, space group I4122)
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / ...

履歴

登録	2012年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月29日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gis.cif.gz	199.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gis.ent.gz	156.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gis_validation.pdf.gz	475 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gis_full_validation.pdf.gz	479.1 KB	表示
XML形式データ	4gis_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	4gis_validation.cif.gz	57.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gis	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gghS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hnl-1 4gir-1 3sbf-7 3h12-1 4fi4-2 3r25-d 3twb-6 3s47-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-501692

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Enolase

B: Enolase

ヘテロ分子

97.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enolase

B: Enolase

ヘテロ分子

A: Enolase

B: Enolase

ヘテロ分子

A: Enolase

B: Enolase

ヘテロ分子

A: Enolase

B: Enolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
389 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	7_545	y+1/2,x-1/2,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	10_545	-x,-y-1,z	1
crystal symmetry operation	16_445	-y-1/2,-x-1/2,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.195, 181.195, 115.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-503- HOH
2	1	A-507- HOH
3	1	A-566- HOH
4	1	A-670- HOH
5	1	A-683- HOH
6	1	A-764- HOH
7	1	B-659- HOH
8	1	B-687- HOH
9	1	B-697- HOH
10	1	B-788- HOH
11	1	B-885- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Enolase 分子量: 48225.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 株: 1DA3 / 遺伝子: VME_00770 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0X4R4

-
非ポリマー , 6種, 799分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-MAE / MALEIC ACID / マレイン酸分子量: 116.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 788 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 7 詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM MgCl); Reservoir (35% Tascimate pH 7.0); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol and 50 mM MgCl), sitting drop vapor ...詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM MgCl); Reservoir (35% Tascimate pH 7.0); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol and 50 mM MgCl), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.09 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 7
詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM MgCl); Reservoir (35% Tascimate pH 7.0); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol and 50 mM MgCl), sitting drop vapor ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月27日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→128.124 Å / Num. all: 88533 / Num. obs: 88533 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 0.133 / R_sym value: 0.133 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.8-1.9	14	0.683	1.1	179753	12815	0.683	100
1.9-2.01	14.2	0.472	1.3	171690	12097	0.472	100
2.01-2.15	14.4	0.314	2	164691	11407	0.314	100
2.15-2.32	14.7	0.221	2	156535	10633	0.221	100
2.32-2.55	15	0.162	4.6	146941	9814	0.162	100
2.55-2.85	15	0.144	4.6	133592	8899	0.144	100
2.85-3.29	15	0.129	4.8	118618	7913	0.129	100
3.29-4.02	14.9	0.099	6	100062	6704	0.099	100
4.02-5.69	14.8	0.045	12	77638	5252	0.045	100
5.69-29.006	14	0.035	15.8	42057	2999	0.035	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GGH

4ggh

解像度: 1.8→29.006 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.885 / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 18.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1833	4439	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1508	-	-	-
all	0.1524	88502	-	-
obs	0.1524	88502	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.73 Å² / B_iso mean: 19.1661 Å² / B_iso min: 3.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.006 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6489	0	39	788	7316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6903
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.118	9411
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	988
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1253
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.548	2557

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8-1.8205	0.2331	146	0.1923	2746	2892
1.8205-1.8419	0.2493	152	0.1909	2780	2932
1.8419-1.8643	0.252	133	0.1858	2796	2929
1.8643-1.8879	0.2262	139	0.1902	2771	2910
1.8879-1.9128	0.2504	153	0.1905	2774	2927
1.9128-1.939	0.2905	141	0.2113	2773	2914
1.939-1.9667	0.2387	144	0.1724	2768	2912
1.9667-1.996	0.237	144	0.1735	2786	2930
1.996-2.0272	0.1977	150	0.1599	2759	2909
2.0272-2.0604	0.2135	152	0.1633	2780	2932
2.0604-2.0959	0.2022	143	0.1622	2804	2947
2.0959-2.134	0.1873	149	0.1467	2782	2931
2.134-2.1751	0.1999	147	0.1488	2763	2910
2.1751-2.2194	0.1871	122	0.153	2805	2927
2.2194-2.2677	0.2059	148	0.1676	2793	2941
2.2677-2.3204	0.201	160	0.1495	2769	2929
2.3204-2.3784	0.1961	173	0.1483	2762	2935
2.3784-2.4427	0.1911	143	0.151	2784	2927
2.4427-2.5145	0.1912	154	0.1508	2813	2967
2.5145-2.5956	0.1936	152	0.1581	2783	2935
2.5956-2.6884	0.1807	144	0.1562	2795	2939
2.6884-2.7959	0.184	132	0.1541	2829	2961
2.7959-2.923	0.1749	171	0.1544	2794	2965
2.923-3.077	0.1765	149	0.1524	2800	2949
3.077-3.2695	0.1709	137	0.1546	2847	2984
3.2695-3.5216	0.152	134	0.1348	2840	2974
3.5216-3.8752	0.138	166	0.1237	2807	2973
3.8752-4.4343	0.1487	144	0.1163	2871	3015
4.4343-5.5802	0.1432	158	0.1308	2882	3040
5.5802-29.01	0.1807	159	0.1579	3007	3166

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