[日本語] English
万見
- PDB-3h95: Crystal structure of the NUDIX domain of NUDT6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h95
タイトルCrystal structure of the NUDIX domain of NUDT6
要素Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6
キーワードGENE REGULATION / NUDT6 / NUDIX / HYDROLASE / GFG / GFG-1 / FGF2AS / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / SGC STOCKHOLM / Isopeptide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH pyrophosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / negative regulation of cell cycle / NAD binding / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhinovirus 14, subunit 4 - #100 / Nudix hydrolase 6-like / Pre-nudix hydrolase domain / Nudix hydrolase domain / Rhinovirus 14, subunit 4 / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain ...Rhinovirus 14, subunit 4 - #100 / Nudix hydrolase 6-like / Pre-nudix hydrolase domain / Nudix hydrolase domain / Rhinovirus 14, subunit 4 / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotyenova, T. / Kotzch, A. / Nielsen, T.K. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Schutz, P. / Siponen, M.I. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the NUDIX domain of NUDT6
著者: Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / ...著者: Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotyenova, T. / Kotzch, A. / Nielsen, T.K. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Schutz, P. / Siponen, M.I. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Nordlund, P.
履歴
登録2009年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3634
ポリマ－22,9901
非ポリマー3733
水2,576143
1
A: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6
ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7278
ポリマ－45,9802
非ポリマー7476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area6610 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area14950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.530, 54.530, 133.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1131-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6 / Nudix motif 6 / Protein GFG / GFG-1 / Antisense basic fibroblast growth factor


分子量: 22990.057 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 141-316 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF2AS, NUDT6 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: P53370
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% PEG 3350, 0.4M tri-ammonium citrate, 5mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月30日 / 詳細: TIROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. all: 23317 / Num. obs: 23294 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.69→1.79 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 3305 / Rsym value: 0.545 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MrBUMP位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VCD

1vcd


解像度: 1.7→19.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.081 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22135 1149 5 %RANDOM
Rwork0.1944 ---
all0.19576 21832 --
obs0.19576 21832 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1319 0 25 143 1487
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221431
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0140.021303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8361.9931944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg5.51633046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8425176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00323.91369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.515263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6811511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1521.5838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2781.5341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.05921374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9323593
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9094.5564
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 82 -
Rwork0.252 1572 -
obs-1572 100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る