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- PDB-3h8z: The Crystal Structure of the Tudor Domains from FXR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h8z
タイトルThe Crystal Structure of the Tudor Domains from FXR2
要素Fragile X mental retardation syndrome-related protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / Tudor domains / Fragile X mental retardation / FXR2 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Phosphoprotein / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / ribonucleoprotein granule / dendritic filopodium / regulation of filopodium assembly / dendritic spine neck / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / translation regulator activity / regulation of mRNA stability / mRNA 3'-UTR binding ...: / : / ribonucleoprotein granule / dendritic filopodium / regulation of filopodium assembly / dendritic spine neck / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / translation regulator activity / regulation of mRNA stability / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / presynapse / growth cone / cytosolic large ribosomal subunit / dendritic spine / postsynaptic density / negative regulation of translation / positive regulation of protein phosphorylation / protein heterodimerization activity / axon / mRNA binding / neuronal cell body / protein homodimerization activity / RNA binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fragile X-related protein 1, C-terminal region 1 / Fragile X-related 1 protein C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain / Fragile X-related 1 protein core C terminal / FMRP KH0 domain / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, Tudor domain / Agenet-like domain profile. ...Fragile X-related protein 1, C-terminal region 1 / Fragile X-related 1 protein C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain / Fragile X-related 1 protein core C terminal / FMRP KH0 domain / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, Tudor domain / Agenet-like domain profile. / Agenet-like domain / Agenet domain / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / SH3 type barrels. - #140 / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fragile X mental retardation syndrome-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Amaya, M.F. / Dong, A. / Adams-Cioaba, M.A. / Guo, Y. / MacKenzie, F. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Structural Studies of the Tandem Tudor Domains of Fragile X Mental Retardation Related Proteins FXR1 and FXR2.
著者: Adams-Cioaba, M.A. / Guo, Y. / Bian, C. / Amaya, M.F. / Lam, R. / Wasney, G.A. / Vedadi, M. / Xu, C. / Min, J.
履歴
登録2009年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fragile X mental retardation syndrome-related protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8121
ポリマ－14,8121
非ポリマー00
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.563, 54.676, 70.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fragile X mental retardation syndrome-related protein 2


分子量: 14812.163 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-136 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FXR2, FMR1L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51116
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 mg/ml protein in 20 mM Tris, pH 8.0, 200 mM NaCl, 1 mM DTT; Hanging drop vapour diffusion,20-30% Peg 3350, 0.2M MgCl2, Hepes 7.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å
検出器日付: 2009年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→100 Å / Num. obs: 10551 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.682 / Net I/σ(I): 24.231
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.92-1.962.50.6484561.07387
1.96-230.6524781.26596.4
2-2.043.70.6285381.14998.7
2.04-2.085.10.5725021.92899.4
2.08-2.1260.4725051.2599.8
2.12-2.176.20.415491.48699.6
2.17-2.236.40.4025051.57399.6
2.23-2.296.50.3815311.87899.8
2.29-2.366.80.2685251.362100
2.36-2.436.90.2495081.6100
2.43-2.5270.2125341.46100
2.52-2.6270.1755361.262100
2.62-2.7470.155331.254100
2.74-2.8870.1125271.28100
2.88-3.0670.0875291.199100
3.06-3.36.90.075371.322100
3.3-3.636.80.0595391.546100
3.63-4.166.70.065482.219100
4.16-5.246.50.0545582.171100
5.24-10060.0656134.40699.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→43.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.498 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 498 4.8 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 10430 97.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.61 Å2 / Biso mean: 32.047 Å2 / Biso min: 16.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å20 Å20 Å2
2--1.88 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→43.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数873 0 0 63 936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.022897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.9391222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8195108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.75623.02343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.30815123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.748157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1020.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5251.5573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3212890
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3493386
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.634.5332
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.969 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 28 -
Rwork0.263 589 -
all-617 -
obs--80.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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