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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h7y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of BacB, an enzyme involved in Bacilysin synthesis, in tetragonal form | ||||||
![]() | Bacilysin biosynthesis protein bacB | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / BacB / YwfC / Bacilysin synthesis / Anticapsin synthesis / Bi-cupin / Double stranded beta helix / Antibiotic biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-[(4R)-4-hydroxycyclohexa-1,5-dien-1-yl]-2-oxopropanoate isomerase / intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / cobalt ion binding / antibiotic biosynthetic process / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rajavel, M. / Gopal, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Role of Bacillus subtilis BacB in the synthesis of bacilysin 著者: Rajavel, M. / Mitra, A. / Gopal, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 105 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | BACB IS MONOMER IN SOLUTION, BUT DIMER IN CRYSTAL STRUCTURE |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27946.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-FE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.85 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1M Tris, 10% PEG 8000, 60% MPD, 0.2M NaCl, pH 6.8, Micro batch, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.22→35.25 Å / Num. obs: 25906 / % possible obs: 99.58 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 22.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 31.3 / Num. measured all: 573250 |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.33 Å / 冗長度: 23.3 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / Num. unique all: 3264 / % possible all: 87 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.037 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→34.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.221→2.279 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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