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万見
- PDB-3h7x: A transition from strong right-handed to canonical left-handed su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h7x
タイトルA transition from strong right-handed to canonical left-handed supercoiling in a conserved coiled coil segment of trimeric autotransporter adhesins - the wildtype structure
要素Adhesin yadA
キーワードCELL ADHESION / YadA / Adhesin / Adhesion / Coiled coil / Cell membrane / Cell outer membrane / Membrane / Plasmid / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen binding / cell outer membrane / protein transport / cell adhesion / cell surface
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2280 / Outer membrane adhesion, Yersinia / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2280 / Outer membrane adhesion, Yersinia / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zeth, K. / Hernandez-Alvarez, B. / Lupas, A.N.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: A transition from strong right-handed to canonical left-handed supercoiling in a conserved coiled-coil segment of trimeric autotransporter adhesins.
著者: Alvarez, B.H. / Gruber, M. / Ursinus, A. / Dunin-Horkawicz, S. / Lupas, A.N. / Zeth, K.
履歴
登録2009年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Adhesin yadA
B: Adhesin yadA
C: Adhesin yadA
D: Adhesin yadA
E: Adhesin yadA
F: Adhesin yadA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7316
ポリマ－42,7316
非ポリマー00
水1,820101
1
A: Adhesin yadA
B: Adhesin yadA
C: Adhesin yadA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3653
ポリマ－21,3653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
2
D: Adhesin yadA
E: Adhesin yadA
F: Adhesin yadA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3653
ポリマ－21,3653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area10190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.825, 105.553, 44.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

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要素

#1: タンパク質
Adhesin yadA


分子量: 7121.828 Da / 分子数: 6 / 断片: YADA STALK DOMAIN (RESIDUES 299-362) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: yadA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C2W0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% Peg3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.523
11-h,-k,l20.477
反射解像度: 2→34.12 Å / Num. obs: 21317 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / Num. unique all: 3666 / Rsym value: 0.197 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0063精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: MODEL FROM SAD

解像度: 2→34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 8.012 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29785 1156 5.1 %RANDOM
Rwork0.24928 ---
obs0.25181 21317 90.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.53 Å20 Å24.9 Å2
2--41.01 Å20 Å2
3----22.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2526 0 0 101 2627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0212661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4541.9433597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4265342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.69524.104134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.25515522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1771524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1820.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9471.51628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64522641
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.19931033
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9034.5941
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 341 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.150.05
Btight positional0.140.05
Ctight positional0.140.05
Dtight positional0.150.05
Etight positional0.140.05
Ftight positional0.140.05
Atight thermal0.390.5
Btight thermal0.370.5
Ctight thermal0.380.5
Dtight thermal0.350.5
Etight thermal0.370.5
Ftight thermal0.340.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 97 -
Rwork0.35 1514 -
obs--88.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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