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- PDB-3h7c: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Agmatine Deiminase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h7c
タイトルCrystal Structure of Arabidopsis thaliana Agmatine Deiminase from Cell Free Expression
要素Agmatine deiminase
キーワードHYDROLASE / Agmatine / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / N-carbamoylputrescine / Arginine decarboxylase pathway / Polyamine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


agmatine deiminase / agmatine deiminase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / polyamine biosynthetic process / protein-arginine deiminase activity
類似検索 - 分子機能
Agmatine deiminase / Peptidyl-arginine deiminase, Porphyromonas-type / Porphyromonas-type peptidyl-arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,2',2''-NITRILOTRIETHANOL / : / Agmatine deiminase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Burgie, E.S. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Insights into the Catalytic Mechanism of Arabidopsis thaliana Agmatine Deiminase
著者: Burgie, E.S. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2009年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Agmatine deiminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9989
ポリマ－43,4301
非ポリマー5688
水6,521362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.715, 69.932, 50.917
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質 Agmatine deiminase / Agmatine iminohydrolase / Protein EMBRYO DEFECTIVE 1873


分子量: 43430.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cell free synthesis
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Columbia / 解説: Wheat germ / 遺伝子: AIH, At5g08170, EMB1873, T22D6.110 / プラスミド: pEU-His-Flexi / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: Q8GWW7, agmatine deiminase

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非ポリマー , 7種, 370分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-211 / 2,2',2''-NITRILOTRIETHANOL / トリエタノ-ルアミン


分子量: 149.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15NO3
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE MATCHES GENBANK ENTRY AAO63405.1. THE DISCREPANCY BETWEEN AUTHOR'S ...AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE MATCHES GENBANK ENTRY AAO63405.1. THE DISCREPANCY BETWEEN AUTHOR'S SEQUENCE AND THE SEQUENCE LISTED IN UNIPROT IS A KNOWN "SEQUENCE CONFLICT". THIS IS DOCUMENTED ON THE UNIPROT WEBSITE AT HTTP://WWW.UNIPROT.ORG/UNIPROT/Q8GWW7. AT THE WEBSITE TWO INDEPENDENT REFERENCES ARE PROVIDED. FURTHERMORE, AUTHOR'S ELECTRON DENSITY SHOWS NO SIGN OF ASPARTATE AT THIS POSITION. THIS SEQUENCE IS LIKELY JUST A NATURAL VARIATION, AND WAS NOT PRODUCED BY SITE-DIRECTED MUTAGENSIS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution- 10 mg/ml agmatine deiminase, 50 mM NaCl, 0.3 mM TCEP, 5 mM HEPES, pH 7.0; Precipitant solution- 34% Polyethylene glycol 2000, 200 mM KBr, 100 mM triethanolamine, pH 7.5; ...詳細: Protein solution- 10 mg/ml agmatine deiminase, 50 mM NaCl, 0.3 mM TCEP, 5 mM HEPES, pH 7.0; Precipitant solution- 34% Polyethylene glycol 2000, 200 mM KBr, 100 mM triethanolamine, pH 7.5; Cryoprotectant- MiTeGen LV Cryo Oil, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.96350,0.97943,0.97957
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96351
20.979431
30.979571
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 68398 / Num. obs: 68398 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 3395 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 0.884 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 3460 5.1 %RANDOM
Rwork0.146 ---
obs0.147 68375 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.57 Å2 / Biso mean: 14.686 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å2-0.37 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3073 0 30 372 3475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0213187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.9394347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0445405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77724.099161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.18415520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2891526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.0212547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5411.51950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.51923170
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.59831237
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6774.51177
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 225 -
Rwork0.21 4702 -
all-4927 -
obs--96.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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