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万見
- PDB-3h7b: Human Class I MHC HLA-A2 in complex with the Tel1p peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h7b
タイトルHuman Class I MHC HLA-A2 in complex with the Tel1p peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Tel1p peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Tel1p peptide / nonapeptide / MHC class I / HLA-A2 / TCR A6 / cross-reactivity / Disulfide bond / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immune response / Membrane / MHC I / Phosphoprotein / Transmembrane / Disease mutation / Glycation / Immunoglobulin domain / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Pexophagy / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation ...DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Pexophagy / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / telomeric DNA binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / signal transduction in response to DNA damage / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / telomere maintenance / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / DNA damage checkpoint signaling / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / antibacterial humoral response / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / double-strand break repair / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / chromosome / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / chromosome, telomeric region / learning or memory / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity
類似検索 - 分子機能
Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Serine/threonine-protein kinase ATM, plant / ATM, catalytic domain / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / FATC domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. ...Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Serine/threonine-protein kinase ATM, plant / ATM, catalytic domain / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / FATC domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Serine/threonine-protein kinase TEL1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Borbulevych, O.Y. / Baker, B.M.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2009
タイトル: T cell receptor cross-reactivity directed by antigen-dependent tuning of peptide-MHC molecular flexibility.
著者: Borbulevych, O.Y. / Piepenbrink, K.H. / Gloor, B.E. / Scott, D.R. / Sommese, R.F. / Cole, D.K. / Sewell, A.K. / Baker, B.M.
履歴
登録2009年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Tel1p peptide
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Tel1p peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,54914
ポリマ－89,8126
非ポリマー7378
水11,205622
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Tel1p peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3668
ポリマ－44,9063
非ポリマー4605
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Tel1p peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1826
ポリマ－44,9063
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.324, 63.063, 74.877
Angle α, β, γ (deg.)81.950, 75.950, 77.880
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLUGLUAA183 - 275183 - 275
21ASPASPGLUGLUDD183 - 275183 - 275
12METMETMETMETBB0 - 991 - 100
22METMETMETMETEE0 - 991 - 100

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Tel1p peptide


分子量: 1172.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesis / 参照: UniProt: P38110*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350 24%, MES 0.025M, NaCl 0.1M, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98494 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月29日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98494 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→20 Å / Num. all: 69668 / Num. obs: 67439 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 11.766
反射 シェル解像度: 1.88→1.97 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique all: 6629 / Χ2: 0.968 / % possible all: 94.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å19.89 Å
Translation3.5 Å19.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2AV1

2av1


解像度: 1.88→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.234 / WRfactor Rwork: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.804 / SU B: 8.597 / SU ML: 0.128 / SU R Cruickshank DPI: 0.168 / SU Rfree: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 3396 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.195 70539 --
obs0.195 67422 95.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.82 Å2 / Biso mean: 26.217 Å2 / Biso min: 12.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20.59 Å21.78 Å2
2---0.69 Å20.16 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6334 0 48 622 7004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0216654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7171.9289046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6965793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.19623.183355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.477151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7341556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1450.082872
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.54391
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.5951
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0980.0845
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.49323997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18436289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54823113
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.29932747
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A740MEDIUM POSITIONAL0.30.5
1A740MEDIUM THERMAL0.912
2B830MEDIUM POSITIONAL0.310.5
2B830MEDIUM THERMAL0.922
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.93 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 207 -
Rwork0.271 3902 -
all-4109 -
obs--78.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.32070.120.05891.7268-0.3482.9829-0.0548-0.02380.17940.1057-0.01190.0374-0.22920.05550.0667-0.1056-0.0053-0.0311-0.0688-0.0233-0.06232.563613.82326.6563
21.8996-2.4766-1.81835.3972.45833.72570.0840.1037-0.1009-0.3991-0.1111-0.00670.16610.02480.0271-0.0555-0.0184-0.0204-0.0988-0.0149-0.08166.1603-19.7061-6.4332
32.30882.1566-0.76545.2572-1.18742.135-0.05970.1315-0.0143-0.14260.11960.2950.1561-0.2116-0.0599-0.1272-0.015-0.0358-0.0636-0.0009-0.0888-11.2603-5.003-7.0015
41.0722-0.2335-0.21493.11860.71952.6442-0.03570.02040.091-0.066-0.0199-0.067-0.18770.0250.0556-0.0896-0.0056-0.0015-0.06190.0158-0.078429.6947-13.579226.3069
54.61911.711-3.57762.1706-1.04623.96160.04990.0248-0.12730.052-0.0358-0.05220.0389-0.179-0.0141-0.1340.0042-0.0211-0.09190.0165-0.095712.6899-42.699339.0862
61.1382-0.39050.18655.62440.72422.3922-0.0279-0.0433-0.0460.09120.0465-0.15790.11510.0067-0.0186-0.1992-0.008-0.0081-0.0792-0.0004-0.120734.4028-36.433339.7724
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 182
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A183 - 275
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 182
6X-RAY DIFFRACTION4F1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION5D183 - 275
8X-RAY DIFFRACTION6E0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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