- PDB-3h7a: CRYSTAL STRUCTURE OF SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE FROM Rhodopseudomo... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3h7a
タイトル
CRYSTAL STRUCTURE OF SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE FROM Rhodopseudomonas palustris
要素
short chain dehydrogenase
キーワード
OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / PSI-2 / NYSGXRC / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.87→50 Å / Num. obs: 95778 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル
解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 94.4
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELXD
位相決定
REFMAC
5.3.0034
精密化
DENZO
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.87→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.704 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.24148
2830
3 %
RANDOM
Rwork
0.2055
-
-
-
obs
0.20663
91107
98.22 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK