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万見
- PDB-3h6i: Crystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Proteasome Modifi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h6i
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Proteasome Modified by inhibitor GL1
要素
  • Proteasome (Alpha subunit) PrcA
  • Proteasome (Beta subunit) PrcB
キーワードHYDROLASE / Binding Sites / Oxazolidin-2-one / Mycobacterium tuberculosis / Protease Inhibitors / Proteasome Endopeptidase Complex / Protein Subunits / Substrate Specificity / Proteasome
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defenses / zymogen binding / cell wall / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process ...symbiont-mediated perturbation of host defenses / zymogen binding / cell wall / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta ...Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMETHYLFORMAMIDE / Proteasome subunit alpha / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Li, D. / Li, H. / Lin, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Inhibitors selective for mycobacterial versus human proteasomes.
著者: Lin, G. / Li, D. / de Carvalho, L.P. / Deng, H. / Tao, H. / Vogt, G. / Wu, K. / Schneider, J. / Chidawanyika, T. / Warren, J.D. / Li, H. / Nathan, C.
履歴
登録2009年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
B: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
C: Proteasome (Beta subunit) PrcB
D: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
E: Proteasome (Beta subunit) PrcB
F: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
G: Proteasome (Beta subunit) PrcB
H: Proteasome (Beta subunit) PrcB
I: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
J: Proteasome (Beta subunit) PrcB
K: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
L: Proteasome (Beta subunit) PrcB
M: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
N: Proteasome (Beta subunit) PrcB
O: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
P: Proteasome (Beta subunit) PrcB
Q: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
R: Proteasome (Beta subunit) PrcB
S: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
T: Proteasome (Beta subunit) PrcB
U: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
V: Proteasome (Beta subunit) PrcB
W: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
X: Proteasome (Beta subunit) PrcB
Y: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
Z: Proteasome (Beta subunit) PrcB
1: Proteasome (Alpha subunit) PrcA
2: Proteasome (Beta subunit) PrcB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)738,414130
ポリマ－730,95828
非ポリマー7,456102
水42,8942381
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.615, 117.667, 196.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Proteasome (Alpha subunit) PrcA


分子量: 26911.039 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: prcA, Rv2109c / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Escherichia coli bl21(de3)
参照: UniProt: O33244, UniProt: P9WHU1*PLUS, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質
Proteasome (Beta subunit) PrcB / Proteasome / beta subunit


分子量: 25300.258 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT2170, prcB, Rv2110c / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Escherichia coli bl21(de3)
参照: UniProt: O33245, UniProt: P9WHT9*PLUS, proteasome endopeptidase complex
#3: 化合物...
ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE / ジメチルホルムアミド


分子量: 73.094 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE HETGROUP OZT IN THE STRUCTURE IS REFERRED TO AS OXZ IN A RELEVANT PUBLICATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5.8
詳細: 12% PEG 6000, 60 mM sodium citrate, pH 5.8, 0.1M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月19日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→29.75 Å / Num. obs: 261485 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.43→2.47 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 3.88 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FHG

2fhg


解像度: 2.43→29.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 97069.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME. BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 12991 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 261485 97.8 %-
all-267365 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 15.6 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45649 0 510 2381 48540
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it42.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 1096 4.8 %
Rwork0.271 21637 -
obs--84.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_OZT.PARPROTEIN_OZT.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4DMF.PARDMF.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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