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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h5j
タイトルLeuD_1-168 small subunit of isopropylmalate isomerase (Rv2987c) from mycobacterium tuberculosis
要素3-isopropylmalate dehydratase small subunit
キーワードLYASE / Leucine biosynthesis / isopropylmalate isomerase / LeuD / M.tuberculosis / Amino-acid biosynthesis / Branched-chain amino acid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


3-isopropylmalate dehydratase complex / 3-isopropylmalate dehydratase / 3-isopropylmalate dehydratase activity / L-leucine biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
3-isopropylmalate dehydratase, small subunit / 3-isopropylmalate dehydratase, swivel domain / : / Aconitase; domain 4 / Aconitase, domain 4 / Aconitase A/isopropylmalate dehydratase small subunit, swivel domain / Aconitase C-terminal domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase, swivel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-isopropylmalate dehydratase small subunit / 3-isopropylmalate dehydratase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Manikandan, K. / Geerlof, A. / Weiss, M.S.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structural studies on the enzyme complex isopropylmalate isomerase (LeuCD) from Mycobacterium tuberculosis
著者: Manikandan, K. / Geerlof, A. / Zozulya, A.V. / Svergun, D.I. / Weiss, M.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the small subunit of isopropylmalate isomerase (Rv2987c) from Mycobacterium tuberculosis
著者: Manikandan, K. / Geerlof, A. / Schuldt, L. / Mueller-Dieckmann, C. / Weiss, M.S.
履歴
登録2009年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-isopropylmalate dehydratase small subunit
B: 3-isopropylmalate dehydratase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,81910
ポリマ－37,2882
非ポリマー5318
水7,440413
1
A: 3-isopropylmalate dehydratase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8925
ポリマ－18,6441
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 3-isopropylmalate dehydratase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9265
ポリマ－18,6441
非ポリマー2824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.070, 75.710, 48.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AS THE STRUCTURE REPRESENTS ONLY A PART OF A SUBUNIT OF AN ENZYME COMPLEX, THE ASSEMBLIES DESCRIBED IN REMARK350 IS NOT RELEVANT TO THE REAL BIOLOGICAL ASSEMBLIES

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要素

#1: タンパク質 3-isopropylmalate dehydratase small subunit / Isopropylmalate isomerase small subunit / Alpha-IPM isomerase / IPMI


分子量: 18644.068 Da / 分子数: 2 / 断片: LeuD, residues 1-168 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv2987c / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P65277, UniProt: P9WK95*PLUS, 3-isopropylmalate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SER 1A WAS INTRODUCED WHILE CLONING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 20%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月22日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→99 Å / Num. all: 90248 / Num. obs: 90248 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H5E

3h5e


解像度: 1.2→13.42 Å / Num. parameters: 28335 / Num. restraintsaints: 35073 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 1855 -random
obs0.1298 88352 97.5 %-
all-88352 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 24 / Occupancy sum hydrogen: 2546.15 / Occupancy sum non hydrogen: 3024.55
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→13.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2595 0 33 413 3041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.082
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.095
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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