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- PDB-3h4z: Crystal Structure of an MBP-Der p 7 fusion protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h4z
タイトルCrystal Structure of an MBP-Der p 7 fusion protein
要素Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP7
キーワードALLERGEN / MBP fusion / DERP7 / Aha1/BPI domain-like / Super Roll / Sugar transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 - #50 / Mite allergen, group-7 / Mite allergen, group-7 superfamily / Group 7 allergen / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein ...Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 - #50 / Mite allergen, group-7 / Mite allergen, group-7 superfamily / Group 7 allergen / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Mite allergen Der p 7
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Mueller, G.A. / London, R.E.
引用ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2010
タイトル: The structure of the dust mite allergen Der p 7 reveals similarities to innate immune proteins.
著者: Mueller, G.A. / Edwards, L.L. / Aloor, J.J. / Fessler, M.B. / Glesner, J. / Pomes, A. / Chapman, M.D. / London, R.E. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2009年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP7
B: Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP7
C: Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,0957
ポリマ－187,0463
非ポリマー1,0504
水5,801322
1
A: Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7143
ポリマ－62,3491
非ポリマー3652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6912
ポリマ－62,3491
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6912
ポリマ－62,3491
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.352, 117.904, 92.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP7


分子量: 62348.523 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: protein is an MBP-DERP7 fusion using a modifed pMAL vector from NEB.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)
遺伝子: malE, DERP7 / プラスミド: pMAL-x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)PLacI / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P49273
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FUSION PROTEIN OF MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN AND ALLERGEN DERP7 WITH LINKER REGION ...FUSION PROTEIN OF MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN AND ALLERGEN DERP7 WITH LINKER REGION AAAQTNAAA. THE NUMBERING OF DERP7 CORRESPONDS TO STANDARD RESIDUE NUMBERING + 1000

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 85mM Lithium sulfate, 42mM Tris pH 8.5, 12.75% PEG4K, 7.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月25日 / 詳細: VariMax HF mirrors
放射モノクロメーター: VariMax HF mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 76800 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 7626 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MBP molecule from pdb id code 3dm0

3dm0


解像度: 2.35→28.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 896959.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 3079 5.1 %RANDOM
Rwork0.249 ---
all0.251 60931 --
obs0.249 60931 77.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.9992 Å2 / ksol: 0.336752 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20 Å2-8.99 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----2.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→28.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12607 0 70 322 12999
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.444 403 5.1 %
Rwork0.357 7564 -
obs--60.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4cis1048.parcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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