ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MAR345 | CCDデータ収集 | PHENIX | | モデル構築 | CNS | 1.2 | 精密化 | MOSFLM | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→45.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 3811437.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.313 | 656 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.29 | - | - | - |
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obs | 0.29 | 13172 | 99.4 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.5675 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 97.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -25.55 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -25.55 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 51.09 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.58 Å | 0.52 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.99 Å | 0.83 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.43 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1736 | 0 | 0 | 0 | 1736 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.009 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.89 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.48 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.59 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.67 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.69 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.473 | 112 | 5.2 % |
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Rwork | 0.476 | 2028 | - |
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obs | - | - | 99.9 % |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top |
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