PDB-3h4p: Proteasome 20S core particle from Methanocaldococcus jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h4p

タイトル

Proteasome 20S core particle from Methanocaldococcus jannaschii

要素

Proteasome subunit alpha
Proteasome subunit beta

キーワード

HYDROLASE / 20S / Proteasome / core particle / Protease / Threonine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.1 Å

データ登録者

Jeffrey, P.D. / Zhang, F. / Hu, M. / Tian, G. / Zhang, P. / Finley, D. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Structural Insights into the Regulatory Particle of the Proteasome from Methanocaldococcus jannaschii.
著者: Zhang, F. / Hu, M. / Tian, G. / Zhang, P. / Finley, D. / Jeffrey, P.D. / Shi, Y.

履歴

登録	2009年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2016年3月9日	Group: Refinement description
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3h4p.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3h4p_validation.pdf.gz	636.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h4p_full_validation.pdf.gz	730.6 KB	表示
XML形式データ	3h4p_validation.xml.gz	186.5 KB	表示
CIF形式データ	3h4p_validation.cif.gz	253.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3h43C 3h4mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vy4-d 5nif-d 1j2q-1 5l5s-d 3shj-d 5a0q-d 4qvv-d 6uti-d 4y8j-d 6hub-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (18) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (15) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (5) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Proteasome subunit alpha

B: Proteasome subunit alpha

C: Proteasome subunit alpha

D: Proteasome subunit alpha

E: Proteasome subunit alpha

F: Proteasome subunit alpha

G: Proteasome subunit alpha

a: Proteasome subunit beta

b: Proteasome subunit beta

c: Proteasome subunit beta

d: Proteasome subunit beta

e: Proteasome subunit beta

f: Proteasome subunit beta

g: Proteasome subunit beta

H: Proteasome subunit alpha

I: Proteasome subunit alpha

J: Proteasome subunit alpha

K: Proteasome subunit alpha

L: Proteasome subunit alpha

M: Proteasome subunit alpha

N: Proteasome subunit alpha

h: Proteasome subunit beta

i: Proteasome subunit beta

j: Proteasome subunit beta

k: Proteasome subunit beta

l: Proteasome subunit beta

m: Proteasome subunit beta

n: Proteasome subunit beta

748 kDa, 28 ポリマー
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1

A: Proteasome subunit alpha

B: Proteasome subunit alpha

C: Proteasome subunit alpha

D: Proteasome subunit alpha

E: Proteasome subunit alpha

F: Proteasome subunit alpha

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a: Proteasome subunit beta

b: Proteasome subunit beta

c: Proteasome subunit beta

d: Proteasome subunit beta

e: Proteasome subunit beta

f: Proteasome subunit beta

g: Proteasome subunit beta

H: Proteasome subunit alpha

I: Proteasome subunit alpha

J: Proteasome subunit alpha

K: Proteasome subunit alpha

L: Proteasome subunit alpha

M: Proteasome subunit alpha

N: Proteasome subunit alpha

h: Proteasome subunit beta

i: Proteasome subunit beta

j: Proteasome subunit beta

k: Proteasome subunit beta

l: Proteasome subunit beta

m: Proteasome subunit beta

n: Proteasome subunit beta

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	206.720, 219.540, 149.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	segid AAA1
2	1	1	segid AAA2
3	1	1	segid AAA3
4	1	1	segid AAA4
5	1	1	segid AAA5
6	1	1	segid AAA6
7	1	1	segid AAA7
8	1	1	segid AAB1
9	1	1	segid AAB2
10	1	1	segid AAB3
11	1	1	segid AAB4
12	1	1	segid AAB5
13	1	1	segid AAB6
14	1	1	segid AAB7
1	1	2	segid BBA1
2	1	2	segid BBA2
3	1	2	segid BBA3
4	1	2	segid BBA4
5	1	2	segid BBA5
6	1	2	segid BBA6
7	1	2	segid BBA7
8	1	2	segid BBB1
9	1	2	segid BBB2
10	1	2	segid BBB3
11	1	2	segid BBB4
12	1	2	segid BBB5
13	1	2	segid BBB6
14	1	2	segid BBB7

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Proteasome subunit alpha / Multicatalytic endopeptidase complex subunit alpha / 20S proteasome subunit alpha 分子量: 29647.076 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: psmA, MJ0591 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60177, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質	Proteasome subunit beta / Multicatalytic endopeptidase complex subunit beta 分子量: 23787.709 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: psmB, MJ1237 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58634, proteasome endopeptidase complex

#1: タンパク質

Proteasome subunit alpha / Multicatalytic endopeptidase complex subunit alpha / 20S proteasome subunit alpha

分子量: 29647.076 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: psmA, MJ0591 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60177, proteasome endopeptidase complex

#2: タンパク質

Proteasome subunit beta / Multicatalytic endopeptidase complex subunit beta

分子量: 23787.709 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: psmB, MJ1237 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58634, proteasome endopeptidase complex

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1 M Tris, pH 6.8, 0.2 M KCl and 33-36% MPD (v/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月1日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.1→50 Å / Num. all: 54076 / Num. obs: 54076 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / R_sym value: 0.126 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 4.1→4.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / R_sym value: 0.488 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 4.1→49.975 Å / SU ML: 0.71 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3245	2737	5.09 %	IN THIN RESOLUTION SHELLS
R_work	0.2536	-	-	-
obs	0.2573	53777	99.83 %	-
all	-	53777	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 149.766 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.1→49.975 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46648	0	0	0	46648

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.33
1	2	B	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.33
1	3	C	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.299
1	4	D	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.318
1	5	E	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.337
1	6	F	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.338
1	7	G	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.335
1	8	H	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.3
1	9	I	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.334
1	10	J	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.306
1	11	K	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.339
1	12	L	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.234
1	13	M	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.313
1	14	N	1814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.29
2	1	a	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.306
2	2	b	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.306
2	3	c	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.316
2	4	d	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.322
2	5	e	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.343
2	6	f	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.35
2	7	g	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.342
2	8	h	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.316
2	9	i	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.346
2	10	j	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.354
2	11	k	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.327
2	12	l	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.239
2	13	m	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.339
2	14	n	1520	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.313

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.1-4.1707	0.418	119	0.3534	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1707-4.2465	0.366	118	0.311	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2465-4.3281	0.3984	150	0.2895	2496	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3281-4.4164	0.3431	154	0.2838	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4164-4.5124	0.3812	119	0.2625	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5124-4.6172	0.3267	136	0.2655	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6172-4.7326	0.3439	139	0.2751	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7326-4.8605	0.3808	151	0.2647	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8605-5.0034	0.3164	112	0.2545	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0034-5.1647	0.3116	130	0.2395	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1647-5.3491	0.3568	143	0.2587	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3491-5.563	0.3629	134	0.2578	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
5.563-5.8158	0.3191	130	0.26	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8158-6.122	0.3731	151	0.266	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
6.122-6.5047	0.332	147	0.2606	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5047-7.0057	0.3333	137	0.2407	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0057-7.7085	0.2688	130	0.1944	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7085-8.8186	0.2326	139	0.1482	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
8.8186-11.0905	0.1743	155	0.1369	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
11.0905-49.9789	0.3162	143	0.2816	2713	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7433	0.398	0.5376	3.0437	-2.0406	0.0337	-0.1762	0.2724	0.3628	0.2564	0.1456	1.1381	-0.5558	0.0963	-0.0003	1.9974	0.1694	0.0475	1.2918	0.0197	2.0058	31.5173	141.2701	54.0883
2	0.592	-0.1758	-0.7378	0.629	-1.3646	1.6045	-0.0579	-0.0385	1.0481	-0.0998	0.2409	0.5356	0.6161	-0.0209	0.0001	1.0267	0.0279	0.1815	1.4333	-0.0391	2.2627	15.4483	122.8905	74.4059
3	2.0628	-0.6662	-0.5299	0.8452	-1.567	2.777	0.0214	-0.3302	-0.0262	0.1747	-0.3453	0.5762	0.1094	0.0103	-0	1.2825	-0.2603	0.4997	1.5266	-0.3007	1.6994	26.2399	101.7895	95.9961
4	-0.8775	0.252	-0.4828	0.3644	-0.6249	1.1656	-0.0549	0.3413	0.0924	0.4265	-0.1123	0.2327	-0.1101	0.7165	0.0001	0.8066	-0.1867	0.2503	1.0715	0.1534	0.4709	56.6292	95.337	103.1108
5	1.5271	-0.7762	1.8361	0.6347	-0.0059	0.3147	-0.2124	-0.552	0.0594	-0.2694	0.7838	0.3864	-0.0953	0.6169	-0.0001	0.9087	-0.1079	0.0934	1.8123	0.0896	0.6167	83.0394	106.8737	90.7163
6	2.2704	-0.0326	-0.8753	0.9647	0.1062	-2.3144	0.453	-0.3447	0.0524	-0.0577	-0.4167	0.3426	-0.0829	0.3195	-0.0001	1.2966	-0.4276	0.3239	1.5955	-0.059	0.8306	86.2805	129.1467	67.8577
7	2.2549	-0.1199	-0.1206	4.6353	-1.1813	2.0265	0.4068	0.1041	0.1295	-0.4766	-0.0737	0.2666	-0.6088	0.2453	-0.0002	1.7159	-0.3237	0.2837	1.3118	0.0065	1.1442	63.3401	144.3905	51.6775
8	3.0604	-1.1183	0.0648	1.0715	-2.2195	3.1694	-0.1369	-0.4614	-0.0401	0.4373	0.0396	0.4257	0.094	0.5289	0	2.2074	0.217	0.0668	1.7305	-0.0086	1.2557	-46.4508	48.0847	28.0388
9	-0.2047	-0.1879	0.7252	0.1124	-0.9402	-0.8047	-0.3192	0.134	-0.2329	0.2227	-0.0705	-0.2545	-0.3733	-0.3253	0.0002	1.34	0.1823	-0.2935	1.1406	0.1605	1.0353	-19.8762	59.9884	15.2638
10	1.2347	0.2862	1.8589	1.3566	-0.1091	-1.0384	-0.7274	-0.0059	0.4658	-0.0408	0.3257	0.0484	0.1949	-0.0249	-0.0042	0.9292	0.0218	-0.3273	0.9221	0.0883	1.3605	-17.0561	81.9805	-7.9055
11	2.2972	2.1131	0.4848	4.3251	-2.6788	0.744	-0.4932	0.3042	0.5632	-0.015	-0.1436	0.307	-0.1821	0.2639	-0.0002	1.4442	0.054	-0.4674	1.1581	0.1895	1.9378	-40.2022	97.0103	-23.3867
12	0.898	-1.8635	-0.8685	1.7514	-2.1007	1.3908	-0.4034	-0.0528	0.2694	-0.1068	0.0011	0.468	-0.3009	0.195	-0	1.1359	0.1009	-0.3959	1.2412	-0.1448	2.278	-72.0261	93.7818	-20.8774
13	2.803	0.9792	-0.446	0.2494	-0.7438	2.0749	-0.3449	0.2195	0.1787	0.4219	-0.0091	0.366	0.0935	-0.15	0.0001	1.3128	0.0906	0.0189	1.4444	-0.4665	2.155	-88.1851	75.0276	-0.8781
14	2.9718	-1.0735	0.1897	0.2255	-0.5767	1.1055	-0.3085	-0.3675	0.0493	0.0764	0.1865	0.4126	0.0956	-0.0428	0.0001	1.7065	0.0114	0.2801	1.6651	-0.1153	1.7254	-76.9239	54.2572	20.9081
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17	0.8508	1.4135	0.8171	2.4795	0.1385	1.7929	-0.215	0.1002	-0.0681	0.2101	-0.5261	0.7169	0.2887	-0.0063	-0.0001	1.03	-0.1162	0.3695	1.2414	-0.3725	1.7607	20.7682	78.2482	63.6996
18	0.8823	1.7538	1.9222	2.5536	1.9809	0.6507	0.0414	-0.1091	0.1174	0.5224	-0.5344	0.1716	0.8029	0.028	-0	1.7465	0.0059	0.4998	1.2921	0.1776	1.3096	47.6263	66.5234	76.0977
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20	2.785	-0.8882	-1.3903	3.5939	2.6144	5.1227	-0.224	0.0375	-0.4439	0.0287	0.5994	-0.5802	-0.0372	0.392	0.0002	1.3871	-0.2436	0.1721	1.4822	0.1986	0.9262	88.3785	94.23	46.7629
21	2.9567	0.0092	-2.0378	1.6412	1.2263	1.7615	0.0828	0.3154	0.0933	-0.526	0.3826	0.1009	-0.4175	0.2336	-0.0004	2.2922	-0.0082	-0.0073	1.1445	0.0695	0.9336	71.7882	112.8157	27.2104
22	2.6249	-0.0837	0.4114	2.5327	0.907	0.5876	-0.4013	-0.2422	0.0867	1.1432	0.0035	0.2718	0.7451	0.1839	0	2.6696	-0.1581	0.4287	1.1419	0.0374	1.2082	-55.8067	19.0608	1.1496
23	1.2502	0.2627	-2.3538	4.2651	1.4483	2.5143	-0.0703	0.0923	-0.01	0.6154	0.0161	-0.0949	0.7042	0.3454	0	1.9695	0.3668	-0.1413	1.1986	-0.0087	1.0832	-25.7208	25.9807	-6.2389
24	2.792	-0.4642	-1.4129	2.4341	2.5016	3.4302	-0.6382	0.3362	0.2068	0.5689	0.7964	0.0339	0.1306	0.3824	0.0001	0.791	0.1187	-0.2767	1.1604	0.029	0.777	-14.9023	46.667	-28.1023
25	2.2588	0.6373	-1.1302	1.3356	2.781	1.6903	-0.4985	-0.727	0.0844	-0.9535	0.0798	0.0776	-0.3817	0.1678	0.0002	0.9928	-0.1475	-0.2965	0.8343	0.3501	1.1867	-31.5137	65.2539	-47.7361
26	0.7441	-0.6042	-0.2084	1.419	1.1065	3.0424	0.4953	0.1716	0.3547	-0.2306	-0.5001	0.7219	-0.7829	0.2589	0.0001	1.3136	0.0462	-0.4918	1.3124	0.0231	1.6192	-63.24	67.7047	-50.4828
27	-0.5416	-0.1587	0.3962	-0.0771	1.7323	2.3146	-0.225	-0.206	-0.3743	-0.0134	-0.5639	0.7163	-0.2134	-0.1517	-0.0001	1.0197	-0.0527	0.0192	1.3073	-0.4108	1.8915	-86.0024	52.5457	-34.5718
28	2.5752	1.1149	1.0264	1.8139	1.6473	0.8733	-0.3672	-0.0895	0.1438	1.0126	-0.2921	0.6306	0.7552	-0.4515	0.0001	1.8063	-0.2444	0.5274	1.6309	-0.2038	1.8911	-82.7997	30.7838	-11.3952

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 13:244 )	A	13 - 244
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 13:244 )	B	13 - 244
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 13:244 )	C	13 - 244
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 13:244 )	D	13 - 244
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND RESID 13:244 )	E	13 - 244
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN F AND RESID 13:244 )	F	13 - 244
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN G AND RESID 13:244 )	G	13 - 244
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND RESID 13:244 )	H	13 - 244
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN I AND RESID 13:244 )	I	13 - 244
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN J AND RESID 13:244 )	J	13 - 244
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN K AND RESID 13:244 )	K	13 - 244
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN L AND RESID 13:244 )	L	13 - 244
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN M AND RESID 13:244 )	M	13 - 244
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN N AND RESID 13:244 )	N	13 - 244
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN a AND RESID 7:208 )	a	7 - 208
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN b AND RESID 7:208 )	b	7 - 208
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN c AND RESID 7:208 )	c	7 - 208
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN d AND RESID 7:208 )	d	7 - 208
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN e AND RESID 7:208 )	e	7 - 208
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN f AND RESID 7:208 )	f	7 - 208
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN g AND RESID 7:208 )	g	7 - 208
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN h AND RESID 7:208 )	h	7 - 208
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN i AND RESID 7:208 )	i	7 - 208
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN j AND RESID 7:208 )	j	7 - 208
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN k AND RESID 7:208 )	k	7 - 208
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN l AND RESID 7:208 )	l	7 - 208
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN m AND RESID 7:208 )	m	7 - 208
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN n AND RESID 7:208 )	n	7 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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