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- PDB-3h4j: crystal structure of pombe AMPK KDAID fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h4j
タイトルcrystal structure of pombe AMPK KDAID fragment
要素SNF1-like protein kinase ssp2
キーワードTRANSFERASE / AMPK / kinase / ATP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ascus development / positive regulation of cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Carnitine metabolism / induction of conjugation with cellular fusion / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TP53 Regulates Metabolic Genes / Macroautophagy / mitotic spindle pole body / SREBP signaling pathway ...positive regulation of ascus development / positive regulation of cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Carnitine metabolism / induction of conjugation with cellular fusion / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TP53 Regulates Metabolic Genes / Macroautophagy / mitotic spindle pole body / SREBP signaling pathway / CAMKK-AMPK signaling cascade / nucleotide-activated protein kinase complex / negative regulation of cytoplasmic translation / negative regulation of TORC1 signaling / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbon catabolite-derepressing protein kinase, ubiquitin-associated domain / Ubiquitin associated domain (UBA) / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Carbon catabolite-derepressing protein kinase, ubiquitin-associated domain / Ubiquitin associated domain (UBA) / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SNF1-like protein kinase ssp2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, L. / Jiao, Z.-H. / Zheng, L.-S. / Zhang, Y.-Y. / Xie, S.-T. / Wang, Z.-X. / Wu, J.-W.
引用ジャーナル: Nature / : 2009
タイトル: Structural insight into the autoinhibition mechanism of AMP-activated protein kinase
著者: Chen, L. / Jiao, Z.-H. / Zheng, L.-S. / Zhang, Y.-Y. / Xie, S.-T. / Wang, Z.-X. / Wu, J.-W.
履歴
登録2009年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: SNF1-like protein kinase ssp2
A: SNF1-like protein kinase ssp2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9762
ポリマ-77,9762
非ポリマー00
1,874104
1
B: SNF1-like protein kinase ssp2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9881
ポリマ-38,9881
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
A: SNF1-like protein kinase ssp2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9881
ポリマ-38,9881
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area31120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.964, 128.964, 106.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 SNF1-like protein kinase ssp2 / AMPK KDAID


分子量: 38987.988 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-351 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
: SPQ-01 / 遺伝子: ssp2 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O74536, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.62 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M sodium citrate, pH 5.6, 1.2M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 27824 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 71.11 Å2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EUE

2eue
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.8→39.262 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.759 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1256 5.04 %random
Rwork0.218 ---
obs0.22 24921 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.756 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 294.06 Å2 / Biso mean: 102.318 Å2 / Biso min: 31.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.93 Å20 Å20 Å2
2---10.93 Å2-0 Å2
3---17.675 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.262 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5260 0 0 104 5364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015373
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8457254
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.219795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007937
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6312029
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.9120.3861330.28126152748100
2.912-3.0450.3431420.27126172759100
3.045-3.2050.3581280.27726292757100
3.205-3.4060.3321310.27226352766100
3.406-3.6680.2661400.24626252765100
3.668-4.0370.2491440.20126192763100
4.037-4.6210.2191500.18226302780100
4.621-5.8190.2141440.18826282772100
5.819-39.2650.2381440.1972667281199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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