[日本語] English
万見
- PDB-3h4i: Chimeric Glycosyltransferase for the generation of novel natural ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h4i
タイトルChimeric Glycosyltransferase for the generation of novel natural products
要素Glycosyltransferase GtfA, Glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / GtfA / chimeric protein / vancomycin / teicoplanin / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroorienticin B synthase / cellular glucuronidation / vancomycin biosynthetic process / UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / lipid glycosylation / acyltransferase activity / ligase activity / carbohydrate metabolic process / nucleotide binding / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase family 28, N-terminal domain / Glycosyltransferase family 28 N-terminal domain / Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, central / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U2F / dTDP-epi-vancosaminyltransferase / Chloroorienticin B synthase/vancomycin aglycone glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Dias, M.V.B. / Truman, A.W. / Wu, S. / Blundell, T.L. / Huang, F. / Spencer, J.B.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Chimeric glycosyltransferases for the generation of hybrid glycopeptides
著者: Truman, A.W. / Dias, M.V.B. / Wu, S. / Blundell, T.L. / Huang, F. / Spencer, J.B.
履歴
登録2009年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase GtfA, Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8684
ポリマ－42,1081
非ポリマー7603
水11,349630
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.480, 129.830, 67.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-851-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glycosyltransferase GtfA, Glycosyltransferase / GtfA / orf1 / PCZA361.19 / GtfA protein


分子量: 42107.586 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-214, UNP residues 218-393 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア), (組換発現) Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
遺伝子: GtfA / プラスミド: pET 28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P96558, UniProt: Q6ZZJ7, 転移酵素; グリコシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-U2F / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOSE


分子量: 568.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23FN2O16P2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE ARE CONFLICTS BETWEEN THE REPORTED SEQUENCE AND DATABASE REFERENCE ONE(P96558 IN UNIPROT). ...THERE ARE CONFLICTS BETWEEN THE REPORTED SEQUENCE AND DATABASE REFERENCE ONE(P96558 IN UNIPROT). ACCORDING TO THE DEPOSITORS, THE DIFFERENCE IN THE RESIDUES IS POSSIBLY DUE TO DIFFERENT ANNOTATION IN THE DATA BASE OR DUE TO THE CONSTRUCTION OF THE CHIMERIC PROTEIN. THIS COORDINATES USE NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING FOR CLARIFICATION OF THE EXPRESSION TAGS AT THE C-TERMINUS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.55 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCL, 1.2-2M ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月5日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→29.92 Å / Num. obs: 119259 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Num. measured all: 838486
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Num. unique all: 17244 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PN3

1pn3


解像度: 1.3→29.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.311 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18383 5975 5 %RANDOM
Rwork0.16382 ---
all0.17 143104 --
obs0.16481 113256 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.492 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→29.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2862 0 46 630 3538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9924073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1495390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.45522.566113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.10515414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0211528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22075
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6841.51993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08323122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.65331087
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.594.5951
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.53233080
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.0973630
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.89832908
LS精密化 シェル解像度: 1.302→1.336 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 452 -
Rwork0.237 8263 -
obs--99.99 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る