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- PDB-3h41: CRYSTAL STRUCTURE OF A NLPC/P60 FAMILY PROTEIN (BCE_2878) FROM BA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h41
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A NLPC/P60 FAMILY PROTEIN (BCE_2878) FROM BACILLUS CEREUS ATCC 10987 AT 1.79 A RESOLUTION
要素NLP/P60 family protein
キーワードHYDROLASE / NLPC/P60 FAMILY PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-D-glutamyl-L-lysine dipeptidyl-peptidase / cysteine-type peptidase activity / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Bacterial dipeptidyl-peptidase SH3 domain / Bacterial dipeptidyl-peptidase Sh3 domain / : / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / SH3 Domains / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Bacterial dipeptidyl-peptidase SH3 domain / Bacterial dipeptidyl-peptidase Sh3 domain / : / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / SH3 Domains / Papain-like cysteine peptidase superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / D-GLUTAMIC ACID / PHOSPHATE ION / Gamma-D-glutamyl-L-lysine dipeptidyl-peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 10987 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of the gamma-D-glutamyl-L-diamino acid endopeptidase YkfC from Bacillus cereus in complex with L-Ala-[gamma]-D-Glu: insights into substrate recognition by NlpC/P60 cysteine peptidases
著者: Xu, Q. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Bakolitsa, C. / Cai, X. / Carlton, D. / Chen, C. / Chiu, H.J. / Chiu, M. / Clayton, T. / Das, D. / Deller, M.C. / Duan, L. / Ellrott, K. ...著者: Xu, Q. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Bakolitsa, C. / Cai, X. / Carlton, D. / Chen, C. / Chiu, H.J. / Chiu, M. / Clayton, T. / Das, D. / Deller, M.C. / Duan, L. / Ellrott, K. / Farr, C.L. / Feuerhelm, J. / Grant, J.C. / Grzechnik, A. / Han, G.W. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kozbial, P. / Krishna, S.S. / Kumar, A. / Lam, W.W. / Marciano, D. / Miller, M.D. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Nopakun, A. / Okach, L. / Puckett, C. / Reyes, R. / Tien, H.J. / Trame, C.B. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / Wooten, T. / Yeh, A. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2009年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NLP/P60 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,66510
ポリマ－35,1691
非ポリマー1,4979
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.205, 59.373, 61.333
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.270, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NLP/P60 family protein


分子量: 35168.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 10987 (バクテリア)
遺伝子: BCE_2878, NP_979181.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q736M3

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非ポリマー , 5種, 274分子

#2: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#3: 化合物 ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. THE CLONED CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 24-333 OF THE FULL LENGTH PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2000M NaCl, 50.0000% PEG-200, 0.1M Phosphate Citrate pH 4.2, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97860,0.91837,0.97985
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月27日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
20.918371
30.979851
反射解像度: 1.79→41.523 Å / Num. obs: 31085 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 16.976 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 9.59
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.78-1.840.7711.89426257886.2
1.84-1.920.5742.512802337897.1
1.92-20.3993.610804285397.8
2-2.110.2994.712341325597.9
2.11-2.240.2146.311745309898.2
2.24-2.410.1717.711574306998.4
2.41-2.660.145912488330098.6
2.66-3.040.10112.211682310798.9
3.04-3.830.05519.611982319198.7
3.83-41.5230.04226.511969325398.4

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.79→41.523 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.305 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.111
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. RAMACHANDRAN OUTLIER PRO305 IS SUPPORTED BY DENSITY. 4. CYS238 IS OXIDIZED AS CYSTEINE SULFONIC ACID (OCS). 5. THE ALA-D-GAMMA-GLU MODELED IN THE ACTIVE SITE IS BASED ON DENSITY AND FUNCTION OF THE PROTEIN. PHOSPHATE AND PEG FRAGEMENTS ARE PRESENTS IN CRYSTALLIZATION CONDITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 1564 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.165 31083 97.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.68 Å2 / Biso mean: 19.859 Å2 / Biso min: 7.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å2-0.5 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→41.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2409 0 80 265 2754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222615
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.9733558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91434421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5635327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.37124.336113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.88915420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6711512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.82331567
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5713624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.86652557
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.58881048
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.70811990
LS精密化 シェル解像度: 1.786→1.833 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 119 -
Rwork0.25 2083 -
all-2202 -
obs--94.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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