PDB-3h3p: Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10 Fv complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h3p

タイトル

Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10 Fv complex

要素

4E10_S0_1TJLC_004_N
Fv 4E10 heavy chain
Fv 4E10 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / epitope-scaffold Fv complex

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)
artificial gene (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Holmes, M.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Interactions between lipids and human anti-HIV antibody 4E10 can be reduced without ablating neutralizing activity
著者: Xu, H. / Song, L. / Kim, M. / Holmes, M.A. / Kraft, Z. / Sellhorn, G. / Reinherz, E.L. / Stamatatos, L. / Strong, R.K.

履歴

登録	2009年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h3p.cif.gz	111.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h3p.ent.gz	83.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h3p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h3p_validation.pdf.gz	461.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h3p_full_validation.pdf.gz	468.5 KB	表示
XML形式データ	3h3p_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	3h3p_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/3h3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/3h3p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tzgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qnz-d 3o36-2 5q0q-2 4h0h-d 3o35-2 5naa-2 4yab-2 5pwt-2 5hoa-d 2q7l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fv 4E10 heavy chain

I: Fv 4E10 heavy chain

L: Fv 4E10 light chain

M: Fv 4E10 light chain

S: 4E10_S0_1TJLC_004_N

T: 4E10_S0_1TJLC_004_N

ヘテロ分子

75.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Fv 4E10 heavy chain

L: Fv 4E10 light chain

S: 4E10_S0_1TJLC_004_N

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

I: Fv 4E10 heavy chain

M: Fv 4E10 light chain

T: 4E10_S0_1TJLC_004_N

登録者が定義した集合体
37.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.400, 92.400, 272.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: 抗体	Fv 4E10 heavy chain 分子量: 14712.454 Da / 分子数: 2 / 変異: W104A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL
#2: 抗体	Fv 4E10 light chain 分子量: 12304.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL
#3: タンパク質	4E10_S0_1TJLC_004_N 分子量: 10501.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The author states that THE EPITOPE-SCAFFOLD IS BASED on transcription factor DksA from E. coli (PDB ID 1TJL). 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) star
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FV HEAVY CHAIN CONTAINS A REMNANT OF SINGLE-CHAIN LINKER AT N-TERMINUS GS. FV LIGHT CHAIN CONTAINS ...FV HEAVY CHAIN CONTAINS A REMNANT OF SINGLE-CHAIN LINKER AT N-TERMINUS GS. FV LIGHT CHAIN CONTAINS A REMNANT OF SINGLE-CHAIN LINKER AT C-TERMINUS KLVPR. FV HEAVY CHAIN HAS BEEN MUTATED TO ALA AT POSITION 104 (KABAT POSITION 100)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M calcium acetate, 8% PEG 8000, 0.1 M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 107 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月13日 / 詳細: Rigaku VariMax HR
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→69.02 Å / Num. all: 19557 / Num. obs: 19557 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.56 % / B_iso Wilson estimate: 63.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.29 % / R_merge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 8305 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: computationally-derived model of the Fv, based on 1TZG

1tzg

解像度: 2.7→60.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 25.371 / SU ML: 0.26 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic, 1 tls group per chain / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.725 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28697	953	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2289	-	-	-
obs	0.23171	18347	97.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→60.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3794	0	1	55	3850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3881
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.109	1.947	5284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.722	3.003	6267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.646	5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.999	23.377	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.597	15	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.868	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4379
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	805
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.3	616
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.3	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.5	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.5	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.5	218
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.122	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.077	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.3	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.242	0.3	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.16	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.7	2	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.094	2	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.048	3	4012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.611	4	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.421	6	1272

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	64	-
R_work	0.254	1351	-
obs	-	-	99.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9008	-0.6475	-0.4224	2.7051	-0.6816	2.6335	0.0018	-0.0901	0.0068	-0.0373	-0.0273	-0.1044	-0.1325	-0.0373	0.0255	0.1356	-0.0056	0.0252	0.2484	-0.0371	0.2433	-0.671	-31.816	-7.313
2	1.5029	-0.469	-0.2614	1.1644	0.4637	2.4825	0.0454	0.0368	-0.0485	0.1124	0.0231	0.0301	0.0415	0.1441	-0.0685	0.188	0.0153	0.0493	0.2652	-0.0103	0.2375	-22.511	-26.691	0.61
3	3.677	-0.1961	-0.3938	2.9619	0.6387	3.9887	0.0206	-0.4349	0.7887	0.1892	-0.0014	-0.3158	-0.7754	0.1466	-0.0192	0.2091	-0.0998	-0.0623	0.2694	-0.0991	0.3864	12.995	-19.106	3.031
4	1.9202	-0.0392	-0.3695	1.8813	-0.7866	5.8854	-0.0251	0.0755	0.1291	-0.3485	0.0589	0.0901	-0.4447	-0.194	-0.0338	0.1771	0.0619	0.0279	0.2183	-0.0081	0.2971	-39.486	-15.826	-8.078
5	3.2248	-1.6878	0.5823	8.4697	-3.9847	11.0078	0.2391	0.3977	0.3967	-0.6586	-0.362	-0.7414	-0.492	1.029	0.1229	0.1934	-0.0067	-0.0205	0.1835	0.0445	0.2983	8.191	-21.05	-21.25
6	13.8872	12.3125	5.2658	14.274	1.1649	9.4377	0.0171	-0.5361	1.1203	0.6698	-0.4917	0.2708	-1.3708	0.3098	0.4746	0.2859	-0.0694	0.0693	0.215	-0.0454	0.307	-22.877	-8.827	14.747

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	I	1 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	1 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	M	1 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	5	S	44 - 61
6	X-RAY DIFFRACTION	6	T	44 - 64

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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