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- PDB-3h3e: Crystal structure of Tm1679, A METAL-DEPENDENT HYDROLASE OF THE B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h3e
タイトルCrystal structure of Tm1679, A METAL-DEPENDENT HYDROLASE OF THE BETA-LACTAMASE SUPERFAMILY
要素uncharacterized protein Tm1679
キーワードstructural genomics / METAL BINDING PROTEIN / Surface Entropy Reduction / ISFI / BETA-LACTAMASE SUPERFAMILY / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / unknown function
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methanocaldococcus jannaschii dihydropteroate synthase-like, MBL-fold metallo hydrolase domain / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.749 Å
データ登録者Cooper, D.R. / Olekhnovitch, N. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Tm1679, A METAL-DEPENDENT HYDROLASE OF THE BETA-LACTAMASE SUPERFAMILY
著者: Cooper, D.R. / Olekhnovitch, N. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2009年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein Tm1679
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5522
ポリマ－30,4871
非ポリマー651
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.169, 127.169, 41.044
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein Tm1679


分子量: 30486.984 Da / 分子数: 1 / 変異: K100Y, K101Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_1679 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9X207
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: Crystallization drop was 1:1 mixture of protein and 12% PEG 3000, 100 mM Sodium Citrate pH 5.3. The crystallization reservoir was 60 ul of 1.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 13.4 % / 数: 135066 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Χ2: 1.31 / D res high: 2.75 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 10088 / % possible obs: 99.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.913098.710.0931.94514.4
4.75.9199.210.1221.61314.9
4.114.799.610.1121.57515.1
3.734.1199.510.1381.30615
3.463.7399.710.1891.16815
3.263.4699.610.2341.07914.9
3.13.2699.810.3271.03714.4
2.963.199.910.4281.03713
2.852.9699.810.5070.95710
2.752.8598.510.5640.9897.2
反射解像度: 2.749→30 Å / Num. obs: 10088 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 18.18
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se53.4660.4970.6330.9950.998
2Se25.4850.5570.7360.80.655
3Se35.990.5990.7660.7180.761
4Se600.5430.6910.9720.759
5Se45.4060.4570.5830.4870.39
Phasing dmFOM : 0.68 / FOM acentric: 0.68 / FOM centric: 0.71 / 反射: 9215 / Reflection acentric: 8406 / Reflection centric: 809
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.9-29.2260.860.90.73448343105
4.9-7.90.810.820.7513251162163
3.9-4.90.850.860.7716641505159
3.4-3.90.780.780.7115861473113
2.9-3.40.610.60.7227102526184
2.8-2.90.370.360.491482139785

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.13位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.749→29.226 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS refinement included
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 281 1.47 %
Rwork0.151 --
obs0.151 19063 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.817 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 413.68 Å2 / Biso mean: 32.341 Å2 / Biso min: 6.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.633 Å20 Å2-0 Å2
2--0.633 Å20 Å2
3----1.266 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.749→29.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2033 0 1 89 2123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082072
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0972784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.677761
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.749-3.4630.2171410.1729340948198
3.463-29.2280.2011400.1399442958299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8927-1.0141-0.08121.49530.24651.00970.0924-0.0120.1303-0.0146-0.0001-0.1335-0.05830.1352-0.0910.04810.00860.02240.0953-0.00660.102921.800868.582427.18
20000000000000000.44670.1274-0.05550.34520.01160.349721.311163.895619.8618
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA0 - 255
2X-RAY DIFFRACTION2chain ZA1 - 256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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