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- PDB-3h1z: Molecular basis for the association of PIPKIgamma -p90 with the c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h1z
タイトルMolecular basis for the association of PIPKIgamma -p90 with the clathrin adaptor AP-2
要素
  • AP-2 complex subunit beta-1
  • Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type-1 gamma
キーワードENDOCYTOSIS / phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate / clathrin / adaptor complex AP-2 / Alternative splicing / Cell membrane / Coated pit / Membrane / Phosphoprotein / Disease mutation / Kinase / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / AP-type membrane coat adaptor complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / clathrin coat / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / clathrin adaptor complex ...1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / AP-type membrane coat adaptor complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / clathrin coat / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / clathrin adaptor complex / cardiac septum development / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / uropod / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / MHC class II antigen presentation / AP-2 adaptor complex / postsynaptic endocytic zone / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / phosphatidylinositol kinase activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin coat assembly / Clathrin-mediated endocytosis / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / clathrin-dependent endocytosis / phosphatidylinositol biosynthetic process / membrane organization / coronary vasculature development / positive regulation of protein localization to membrane / adherens junction assembly / aorta development / ventricular septum development / clathrin binding / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of endocytosis / synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle endocytosis / phagocytosis / phagocytic cup / neutrophil chemotaxis / adherens junction / intracellular protein transport / kidney development / cell-cell adhesion / ruffle membrane / synaptic vesicle / Clathrin-mediated endocytosis / presynapse / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / actin cytoskeleton organization / endosome membrane / focal adhesion / synapse / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1150 / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases / TATA-Binding Protein / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain ...Immunoglobulin-like - #1150 / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases / TATA-Binding Protein / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / TATA-Binding Protein / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase type-1 gamma / AP-2 complex subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Vahedi-Faridi, A. / Kahlfeldt, N. / Schaefer, J.G. / Krainer, G. / Keller, S. / Saenger, W. / Krauss, M. / Haucke, V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Molecular basis for association of PIPKI gamma-p90 with clathrin adaptor AP-2.
著者: Kahlfeldt, N. / Vahedi-Faridi, A. / Koo, S.J. / Schafer, J.G. / Krainer, G. / Keller, S. / Saenger, W. / Krauss, M. / Haucke, V.
履歴
登録2009年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-2 complex subunit beta-1
P: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type-1 gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1462
ポリマ－31,1462
非ポリマー00
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.561, 83.469, 91.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AP-2 complex subunit beta-1 / Adapter-related protein complex 2 beta-1 subunit / Beta2-adaptin / Beta-adaptin / Plasma membrane ...Adapter-related protein complex 2 beta-1 subunit / Beta2-adaptin / Beta-adaptin / Plasma membrane adaptor HA2/AP2 adaptin beta subunit / Clathrin assembly protein complex 2 beta large chain / AP105B


分子量: 29246.605 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 701-937 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ap2b1, Clapb1 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (de3) / 参照: UniProt: P62944
#2: タンパク質・ペプチド Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type-1 gamma / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type I gamma / PtdIns(4)P-5-kinase gamma / PtdInsPKIgamma ...Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type I gamma / PtdIns(4)P-5-kinase gamma / PtdInsPKIgamma / PIP5KIgamma


分子量: 1899.066 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 639-653 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide
参照: UniProt: O60331, 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 % / Mosaicity: 0.843 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% PEG8000, 100mM HEPES, pH7.5, 4mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 24788 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.716 / Net I/σ(I): 20.383
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.83-1.93.60.46122560.60688.1
1.9-1.974.10.30523160.59189.4
1.97-2.064.50.20623230.60591.1
2.06-2.174.70.1723750.64292.3
2.17-2.314.70.14124380.63393.9
2.31-2.484.70.1225030.67496.1
2.48-2.734.70.09225580.69398.5
2.73-3.134.70.05926290.75899.6
3.13-3.944.80.03726440.89499.7
3.94-504.60.02827460.94297.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G30

2g30


解像度: 1.83→34.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.214 / WRfactor Rwork: 0.179 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.822 / SU B: 3.182 / SU ML: 0.099 / SU R Cruickshank DPI: 0.145 / SU Rfree: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1258 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.196 24729 94.48 %-
all-24788 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.9 Å2 / Biso mean: 23.699 Å2 / Biso min: 4.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å20 Å20 Å2
2--2.37 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→34.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2017 0 0 253 2270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6181.9582808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0335252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg46.66925.62596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45315355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.524155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2020.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2874
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21400
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1631.51292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95122050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.863884
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3654.5755
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.878 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.482 70 -
Rwork0.299 1578 -
all-1648 -
obs--85.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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