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万見
- PDB-3h1c: Crystal structure of Polynucleotide Phosphorylase (PNPase) core b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h1c
タイトルCrystal structure of Polynucleotide Phosphorylase (PNPase) core bound to RNase E and Tungstate
要素
  • Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
  • Ribonuclease E
キーワードTRANSFERASE / polynucleotide phosphorylase / RNA turnover / Cytoplasm / Nucleotidyltransferase / RNA-binding / Stress response / Endonuclease / Hydrolase / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of RNA helicase activity / rRNA 5'-end processing / ribonuclease E / ribonuclease E activity / bacterial degradosome / polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / 7S RNA binding ...regulation of RNA helicase activity / rRNA 5'-end processing / ribonuclease E / ribonuclease E activity / bacterial degradosome / polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / 7S RNA binding / cyclic-di-GMP binding / RNA catabolic process / tRNA processing / mRNA catabolic process / protein complex oligomerization / RNA nuclease activity / RNA processing / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / response to heat / 3'-5'-RNA exonuclease activity / molecular adaptor activity / protein homotetramerization / tRNA binding / rRNA binding / magnesium ion binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide phosphorylase C-terminal / Polyribonucleotide phosphorylase C terminal / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain superfamily ...Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide phosphorylase C-terminal / Polyribonucleotide phosphorylase C terminal / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain superfamily / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA binding domain / GHMP Kinase, N-terminal domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TUNGSTATE(VI)ION / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Ribonuclease E
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Nurmohamed, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli polynucleotide phosphorylase core bound to RNase E, RNA and manganese: implications for catalytic mechanism and RNA degradosome assembly
著者: Nurmohamed, S. / Vaidialingam, B. / Callaghan, A.J. / Luisi, B.F.
履歴
登録2009年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
D: Ribonuclease E
B: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
E: Ribonuclease E
C: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
F: Ribonuclease E
G: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
H: Ribonuclease E
I: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
J: Ribonuclease E
K: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
L: Ribonuclease E
M: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
N: Ribonuclease E
O: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
P: Ribonuclease E
R: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
S: Ribonuclease E
T: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
U: Ribonuclease E
V: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
W: Ribonuclease E
X: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
Y: Ribonuclease E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)773,17545
ポリマ－767,97024
非ポリマー5,20521
水00
1
A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
B: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
C: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,2108
ポリマ－178,9703
非ポリマー1,2395
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12590 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area64850 Å2
手法PISA
2
D: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3411
ポリマ－4,3411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3411
ポリマ－4,3411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
F: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3411
ポリマ－4,3411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
G: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
I: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
K: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,9627
ポリマ－178,9703
非ポリマー9914
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12410 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area65560 Å2
手法PISA
6
H: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3411
ポリマ－4,3411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
J: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3411
ポリマ－4,3411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
L: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3411
ポリマ－4,3411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
M: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
O: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
R: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,4589
ポリマ－178,9703
非ポリマー1,4876
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13340 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area65680 Å2
手法PISA
10
N: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3411
ポリマ－4,3411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
P: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3411
ポリマ－4,3411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
S: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3411
ポリマ－4,3411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
13
T: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
V: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
X: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,4589
ポリマ－178,9703
非ポリマー1,4876
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13080 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area66200 Å2
手法PISA
14
U: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3411
ポリマ－4,3411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
15
W: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3411
ポリマ－4,3411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
16
Y: Ribonuclease E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3411
ポリマ－4,3411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.742, 262.887, 264.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polynucleotide phosphorylase / PNPase


分子量: 59656.828 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 DE3
参照: UniProt: P05055, polyribonucleotide nucleotidyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド
Ribonuclease E / RNase E


分子量: 4340.687 Da / 分子数: 12 / Fragment: UNP residues 1021-1061 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in E. coli / 参照: UniProt: P21513, ribonuclease E
#3: 化合物...
ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2M ammonium hydrogen citrate, 17% PEG 3350, 50mM disodium tungstate, pH4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日 / 詳細: Monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.57→79.5 Å / Num. all: 129998 / Num. obs: 123425 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 57.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3.57→3.73 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 129998 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
X-PLORモデル構築
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GCM

3gcm


解像度: 3.57→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 123425 -random
Rwork0.2703 ---
obs0.301 123425 94.2 %-
all-129998 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.57→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数51004 0 105 0 51109

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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