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万見
- PDB-3h16: Crystal structure of a bacteria TIR domain, PdTIR from Paracoccus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h16
タイトルCrystal structure of a bacteria TIR domain, PdTIR from Paracoccus denitrificans
要素TIR protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Bacteria TIR domain
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / signal transduction
類似検索 - 分子機能
Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(+) hydrolase PdTIR
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chan, S.L. / Low, L.Y. / Santelli, E. / Pascual, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Molecular Mimicry in Innate Immunity: CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL TIR DOMAIN.
著者: Chan, S.L. / Low, L.Y. / Hsu, S. / Li, S. / Liu, T. / Santelli, E. / Le Negrate, G. / Reed, J.C. / Woods, V.L. / Pascual, J.
履歴
登録2009年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIR protein
B: TIR protein
C: TIR protein
D: TIR protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3215
ポリマ－68,2254
非ポリマー961
水1,02757
1
A: TIR protein
B: TIR protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1122
ポリマ－34,1122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
2
C: TIR protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1522
ポリマ－17,0561
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: TIR protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0561
ポリマ－17,0561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.780, 85.610, 89.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
TIR protein


分子量: 17056.229 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 146-299 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
遺伝子: Pden_0113, PdTLP / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: A1AY86
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 31% PEG 8000 and 0.2 M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1981
2981
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.979, 0.980, 0.855
シンクロトロンSSRL BL9-220.979
検出器
ID日付
12008年5月20日
22008年8月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal monochromatorMADMx-ray1
2Double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.981
30.8551
Reflection冗長度: 2 % / Av σ(I) over netI: 23.71 / 数: 92178 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.18 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 46868 / % possible obs: 88
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955099.810.0291.1622
3.934.9510010.0381.1792
3.443.9399.810.0561.0892
3.123.4410010.0791.2072
2.93.1299.810.1241.172
2.732.996.910.1771.2172
2.592.7385.310.2251.2461.9
2.482.5973.910.2421.2071.9
2.382.4865.210.2871.1751.8
2.32.3859.110.3181.21.7
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 20938 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.711
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.5-2.593.50.19278.8
2.59-2.693.60.18385.6
2.69-2.823.70.16492.8
2.82-2.963.80.14997.5
2.96-3.1540.11999.2
3.15-3.394.10.085100
3.39-3.734.10.064100
3.73-4.274.10.047100
4.27-5.3840.035100
5.38-503.80.02899.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 1684
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 1725 8.1 %
Rwork0.192 --
obs0.192 17535 82.1 %
all-21351 -
溶媒の処理Bsol: 54.858 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 40.611 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-23.597 Å20 Å20 Å2
2---12.203 Å20 Å2
3----11.394 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4229 0 5 57 4291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.237
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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