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万見
- PDB-3h0j: Crystal structure of the carboxyltransferase domain of acetyl-coe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h0j
タイトルCrystal structure of the carboxyltransferase domain of acetyl-coenzyme A carboxylase in complex with compound 2
要素Acetyl-CoA carboxylase
キーワードTRANSFERASE / ACETYL-COA CARBOXYLASE / CARBOXYLTRANSFERASE / INHIBITOR / ACC / CT / ATP-binding / Biotin / Cytoplasm / Fatty acid biosynthesis / Ligase / Lipid synthesis / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Biotin transport and metabolism / Fatty acyl-CoA biosynthesis / Carnitine shuttle / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / acetyl-CoA carboxylase / acetyl-CoA binding / biotin carboxylase / acetyl-CoA carboxylase complex / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process ...Biotin transport and metabolism / Fatty acyl-CoA biosynthesis / Carnitine shuttle / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / acetyl-CoA carboxylase / acetyl-CoA binding / biotin carboxylase / acetyl-CoA carboxylase complex / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / protein import into nucleus / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ClpP/crotonase fold / Biotin dependent carboxylase carboxyltransferase / Acetyl-CoA carboxylase, central domain / : / : / Acetyl-CoA carboxylase, central region / Acetyl-CoA carboxylase, BT domain / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal ...ClpP/crotonase fold / Biotin dependent carboxylase carboxyltransferase / Acetyl-CoA carboxylase, central domain / : / : / Acetyl-CoA carboxylase, central region / Acetyl-CoA carboxylase, BT domain / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B36 / Acetyl-CoA carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhang, H. / Tong, L.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Discovery of small molecule isozyme non-specific inhibitors of mammalian acetyl-CoA carboxylase 1 and 2.
著者: Corbett, J.W. / Freeman-Cook, K.D. / Elliott, R. / Vajdos, F. / Rajamohan, F. / Kohls, D. / Marr, E. / Zhang, H. / Tong, L. / Tu, M. / Murdande, S. / Doran, S.D. / Houser, J.A. / Song, W. / ...著者: Corbett, J.W. / Freeman-Cook, K.D. / Elliott, R. / Vajdos, F. / Rajamohan, F. / Kohls, D. / Marr, E. / Zhang, H. / Tong, L. / Tu, M. / Murdande, S. / Doran, S.D. / Houser, J.A. / Song, W. / Jones, C.J. / Coffey, S.B. / Buzon, L. / Minich, M.L. / Dirico, K.J. / Tapley, S. / McPherson, R.K. / Sugarman, E. / Harwood, H.J. / Esler, W.
履歴
登録2009年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA carboxylase
B: Acetyl-CoA carboxylase
C: Acetyl-CoA carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,0486
ポリマ－261,7143
非ポリマー1,3343
水00
1
A: Acetyl-CoA carboxylase
ヘテロ分子

A: Acetyl-CoA carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,3654
ポリマ－174,4762
非ポリマー8892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11810 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area56100 Å2
手法PISA
2
B: Acetyl-CoA carboxylase
C: Acetyl-CoA carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,3654
ポリマ－174,4762
非ポリマー8892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11820 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area53370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)246.736, 122.865, 145.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.918, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Acetyl-CoA carboxylase / ACC / Biotin carboxylase


分子量: 87237.977 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 1476-2233 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: FAS3, ACC1, YNR016C, N3175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00955, acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-B36 / 6-{[1-(anthracen-9-ylcarbonyl)piperidin-4-yl]methyl}-2-methylquinoline / Anthracen-9-yl-[4-(2-methyl-quinolin-6-ylmethyl)-piperidin-1-yl]-methanon


分子量: 444.567 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H28N2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Na citrate, pH 5.5, 200 mM NaCl, 8% PEG8000, 10% glycerol, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→51.25 Å / Num. obs: 106688 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.67 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 0.99 / Scaling rejects: 2959
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.93.590.3113.937718104581.198.3
2.9-3.023.670.2824.139096106091.05100
3.02-3.153.680.2424.639359106751.05100
3.15-3.323.680.2075.139356106591.04100
3.32-3.533.680.1536.439558107011.01100
3.53-3.83.690.1098.439431106520.98100
3.8-4.183.70.08310.839792107050.95100
4.18-4.793.70.06114.639906107040.94100
4.79-6.033.710.05516.240210107540.89100
6.03-51.253.590.0392439926107710.998.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.1SSIdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→51.25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.819 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 5328 5 %
Rwork0.228 --
obs-106688 99.7 %
原子変位パラメータBiso max: 133.39 Å2 / Biso mean: 52.547 Å2 / Biso min: 15.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.147 Å20 Å20.011 Å2
2---0.224 Å20 Å2
3---0.077 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→51.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16098 0 102 0 16200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6732
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6242.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5PF03324646_eq.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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