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- PDB-3h02: 2.15 Angstrom Resolution Crystal Structure of Naphthoate Synthase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h02
タイトル2.15 Angstrom Resolution Crystal Structure of Naphthoate Synthase from Salmonella typhimurium.
要素Naphthoate synthase
キーワードLYASE / Naphthoate Synthase / idp00995 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase, MenB / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase, MenB / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.15 Angstrom Resolution Crystal Structure of Naphthoate Synthase from Salmonella typhimurium.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Naphthoate synthase
B: Naphthoate synthase
C: Naphthoate synthase
D: Naphthoate synthase
E: Naphthoate synthase
F: Naphthoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,00315
ポリマ－195,3846
非ポリマー6199
水11,277626
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33800 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area49940 Å2
手法PISA
2
A: Naphthoate synthase
B: Naphthoate synthase
C: Naphthoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9717
ポリマ－97,6923
非ポリマー2794
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area34960 Å2
手法PISA
3
D: Naphthoate synthase
E: Naphthoate synthase
F: Naphthoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0328
ポリマ－97,6923
非ポリマー3405
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7880 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area33030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.897, 132.819, 151.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Naphthoate synthase / Dihydroxynaphtoic acid synthetase


分子量: 32564.041 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: menB, STM2307 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: Q7CQ56, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein solution: 0.3M NaCl, 10mM HEPES (pH 7.5); Screen solution: 20% PEG-3350, 0.2M Sodium Sulphate,0.1M B-Tris (pH 5.5); Freezing: Paratone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si {1,1,1} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 82913 / Num. obs: 82913 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 43.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 4069 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0051精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 10.187 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Individual Atomic Temperature Factors Refined
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 4153 5 %RANDOM
Rwork0.16858 ---
all0.17096 78544 --
obs0.17096 78544 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.788 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2---2.25 Å20 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12084 0 38 626 12748
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02212600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.95217049
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.778320804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.77751601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.59224.328610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.025152161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6521596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21823
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.051.57883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3031.53248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.765212583
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.29534717
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8694.54466
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.208 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 270 -
Rwork0.168 5543 -
obs-5543 95.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9193-0.65540.85732.504-0.06772.38110.06210.1941-0.0463-0.25560.0254-0.166-0.00290.18-0.08760.1256-0.04980.08150.0741-0.03960.057557.7066-16.664529.1256
20.4453-0.05240.03351.64710.68190.8018-0.0490.09740.055-0.19070.02-0.0884-0.04370.03830.0290.074-0.03040.05560.0560.01360.086956.1944-3.966339.3492
32.2045-0.0751-0.77260.62740.10280.7003-0.1566-0.0319-0.1355-0.01170.0856-0.05940.14040.0820.0710.03640.00250.02270.050.0020.030253.7394-16.571447.1785
410.1023.22061.86484.63613.88325.04130.35280.3825-0.67110.2943-0.35420.14380.7695-0.5280.00130.2488-0.0658-0.02190.11740.00390.288823.9762-32.373456.129
52.73080.3532-0.08942.56470.28951.9762-0.0747-0.4812-0.17020.388-0.0783-0.13950.21570.23730.15310.08770.04420.00510.18670.11160.087957.012-19.864182.4573
62.5424-0.4422-0.29421.14920.04082.5769-0.0238-0.0362-0.1356-0.0665-0.05660.00080.14480.04470.08050.01550.0029-0.00320.06240.05470.068854.8146-16.477970.5787
70.9289-0.23990.1320.9573-0.01790.946-0.0473-0.11150.01580.0179-0.0354-0.1634-0.03530.19420.08260.0073-0.00840.00060.08710.03360.065957.9214-7.131467.443
86.6189-0.0838-2.32241.93710.9074.31270.0964-0.6262-0.02640.56640.03460.2184-0.2888-0.1988-0.13090.37030.01070.07230.2904-0.05470.149532.70915.107386.2072
92.84630.2904-0.7692.3247-0.50622.67130.034-0.14230.24970.1724-0.0252-0.3341-0.47080.1159-0.00880.1712-0.0816-0.03070.0626-0.00410.1959.856726.247658.6792
100.31720.2893-0.19912.0257-1.07841.6462-0.0417-0.06560.03550.0331-0.0635-0.3559-0.13060.19850.10520.0338-0.0382-0.02260.10660.01390.125960.78528.744764.5941
111.12050.424-0.09460.51450.12521.4268-0.09910.10540.1137-0.16360.0595-0.1654-0.20720.03250.03960.0832-0.03630.040.05070.0260.164654.105514.897845.7401
123.753-3.13390.387210.0154-1.95184.40560.22320.40440.6826-1.009-0.11780.1532-0.5344-0.2001-0.10530.63450.0152-0.09880.46370.15510.438128.818918.244827.6477
133.1423-0.33410.03652.9633-0.53032.0856-0.07810.5266-0.1031-0.50130.1070.09390.2553-0.0587-0.02890.2637-0.1018-0.0430.2229-0.020.014721.281-9.592529.2989
140.99780.24460.51550.5357-0.52711.7154-0.04730.095-0.1135-0.20520.09040.03770.1498-0.1014-0.04310.1079-0.03-0.02720.0748-0.00370.05822.7506-10.644647.7594
151.82950.5945-0.00440.92160.03320.3385-0.17150.22140.1517-0.27120.12330.02530.02-0.0650.04830.1018-0.038-0.00560.09560.02880.030626.20413.484438.8269
164.9345-0.4725-3.80572.2945-0.85116.62710.23230.38530.1623-0.3504-0.1991-0.112-0.62580.1319-0.03320.3414-0.01140.04250.2390.09210.19354.503418.340829.9036
172.5828-0.08780.07881.9999-0.61732.6742-0.0606-0.05970.25490.17290.09940.0878-0.4266-0.0619-0.03880.13270.02510.04940.00850.00590.07726.334432.127260.7943
181.8239-0.09690.06621.95270.42382.60020.05450.07620.038-0.06730.0640.0496-0.09210.0363-0.11850.04740.00970.04230.01620.02280.059927.859221.342355.293
190.3962-0.1925-0.09141.163-0.19820.85770.0075-0.02540.05490.07220.0620.1488-0.0422-0.0904-0.06950.0239-0.00260.03050.04190.01260.059525.8712.729161.0809
209.80883.38594.28552.05712.87795.55840.18530.31990.06360.4784-0.0231-0.122-0.1020.2697-0.16230.7028-0.1501-0.12420.3117-0.05620.178854.203510.901187.1181
212.54260.85490.08853.45930.42342.29680.0997-0.2578-0.13310.378-0.02630.03220.0771-0.115-0.07340.0656-0.0320.0040.12760.07030.056522.0672-18.037480.3039
221.07680.3316-0.21553.19390.24251.02460.0566-0.15450.07550.2173-0.0217-0.0251-0.149-0.011-0.03490.059-0.01710.01260.11180.03670.059324.692-4.797275.5279
230.7210.7702-0.34981.4716-0.04321.2026-0.00220.00140.0343-0.01870.0750.1661-0.0469-0.1369-0.07270.00290.0010.00060.08390.0540.050720.8676-5.969966.3969
241.95010.63872.91398.13982.24434.71290.00530.09-0.33950.36750.4682-0.13760.23610.1915-0.47350.1596-0.00580.04930.14180.0070.150140.4523-18.429859.6528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2A64 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3A189 - 264
4X-RAY DIFFRACTION4A265 - 285
5X-RAY DIFFRACTION5B7 - 63
6X-RAY DIFFRACTION6B64 - 167
7X-RAY DIFFRACTION7B168 - 254
8X-RAY DIFFRACTION8B255 - 285
9X-RAY DIFFRACTION9C7 - 116
10X-RAY DIFFRACTION10C117 - 197
11X-RAY DIFFRACTION11C198 - 266
12X-RAY DIFFRACTION12C267 - 285
13X-RAY DIFFRACTION13D5 - 84
14X-RAY DIFFRACTION14D85 - 197
15X-RAY DIFFRACTION15D198 - 257
16X-RAY DIFFRACTION16D258 - 285
17X-RAY DIFFRACTION17E6 - 61
18X-RAY DIFFRACTION18E62 - 167
19X-RAY DIFFRACTION19E168 - 257
20X-RAY DIFFRACTION20E258 - 285
21X-RAY DIFFRACTION21F5 - 79
22X-RAY DIFFRACTION22F80 - 162
23X-RAY DIFFRACTION23F163 - 238
24X-RAY DIFFRACTION24F239 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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