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万見
- PDB-3gzq: HUMAN SOD1 A4V Metal-free Variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gzq
タイトルHUMAN SOD1 A4V Metal-free Variant
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / HUMAN CU / ZN SUPEROXIDE DISMUTASE / ANTIOXIDANT / METAL-BINDING / COPPER / ZINC / AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS / DISEASE MUTATION / ACETYLATION / CYTOPLASM / APO / Disulfide bond / Phosphoprotein / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway ...action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / cellular response to potassium ion / retrograde axonal transport / superoxide anion generation / myeloid cell homeostasis / regulation of GTPase activity / response to copper ion / superoxide metabolic process / muscle cell cellular homeostasis / superoxide dismutase / heart contraction / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cellular response to ATP / superoxide dismutase activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / transmission of nerve impulse / cellular response to cadmium ion / regulation of multicellular organism growth / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / neuronal action potential / ovarian follicle development / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of mitochondrial membrane potential / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phagocytosis / placenta development / response to amphetamine / thymus development / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / locomotory behavior / response to nutrient levels / response to hydrogen peroxide / sensory perception of sound / regulation of blood pressure / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / response to ethanol / spermatogenesis / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Galaleldeen, A. / Taylor, A.B. / Whitson, L.J. / Hart, P.J.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2009
タイトル: Structural and biophysical properties of metal-free pathogenic SOD1 mutants A4V and G93A.
著者: Galaleldeen, A. / Strange, R.W. / Whitson, L.J. / Antonyuk, S.V. / Narayana, N. / Taylor, A.B. / Schuermann, J.P. / Holloway, S.P. / Hasnain, S.S. / Hart, P.J.
履歴
登録2009年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9554
ポリマ－31,7632
非ポリマー1922
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area11530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.513, 58.811, 104.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量: 15881.653 Da / 分子数: 2 / 変異: A4V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / プラスミド: YEP351-HSOD / 発現宿主: saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): EGY118 / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 49673 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4589 / Rsym value: 0.582 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_4)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OZU

1ozu


解像度: 1.401→30.064 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1933 2518 5.09 %RANDOM
Rwork0.1644 ---
obs0.1659 49501 98.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.385 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8219 Å20 Å20 Å2
2--2.847 Å20 Å2
3---0.9749 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.401→30.064 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1816 0 10 251 2077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.012
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.401-1.42770.25391130.21382305X-RAY DIFFRACTION89
1.4277-1.45690.19811390.18322516X-RAY DIFFRACTION97
1.4569-1.48860.2061240.16252598X-RAY DIFFRACTION99
1.4886-1.52320.18841520.14392600X-RAY DIFFRACTION100
1.5232-1.56130.17691450.13382625X-RAY DIFFRACTION100
1.5613-1.60350.17321440.12372573X-RAY DIFFRACTION100
1.6035-1.65070.15731590.12272595X-RAY DIFFRACTION100
1.6507-1.70390.17571230.11912639X-RAY DIFFRACTION100
1.7039-1.76480.15411520.12332620X-RAY DIFFRACTION100
1.7648-1.83550.17911350.12362639X-RAY DIFFRACTION100
1.8355-1.9190.18341360.13332606X-RAY DIFFRACTION99
1.919-2.02020.16171360.14042615X-RAY DIFFRACTION99
2.0202-2.14670.18071490.13152625X-RAY DIFFRACTION100
2.1467-2.31240.17551360.15562615X-RAY DIFFRACTION99
2.3124-2.5450.17491380.15642692X-RAY DIFFRACTION100
2.545-2.9130.18931330.1682671X-RAY DIFFRACTION100
2.913-3.6690.17671500.16082698X-RAY DIFFRACTION99
3.669-30.07050.20281540.17452751X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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