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- PDB-3gzn: Structure of NEDD8-activating enzyme in complex with NEDD8 and MLN4924 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gzn
タイトルStructure of NEDD8-activating enzyme in complex with NEDD8 and MLN4924
要素
  • NEDD8
  • NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
  • NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
キーワードPROTEIN BINDING/Ligase / NEDD8 / E1-activating enzyme / MLN4924 / PROTEIN BINDING-Ligase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / ubiquitin activating enzyme activity / NEDD8 transferase activity / regulation of proteolysis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / anatomical structure morphogenesis ...E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / ubiquitin activating enzyme activity / NEDD8 transferase activity / regulation of proteolysis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / anatomical structure morphogenesis / regulation of neuron apoptotic process / post-translational protein modification / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Iron uptake and transport / protein modification process / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / UCH proteinases / protein localization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / protein heterodimerization activity / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NEDD8-activating enzyme E1, catalytic subunit / NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit APP-BP1 / E2 binding / NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit / E2 binding domain / E2_bind / Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2 / Ubiquitin activating enzyme, alpha domain superfamily / Nedd8-like ubiquitin / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site ...NEDD8-activating enzyme E1, catalytic subunit / NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit APP-BP1 / E2 binding / NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit / E2 binding domain / E2_bind / Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2 / Ubiquitin activating enzyme, alpha domain superfamily / Nedd8-like ubiquitin / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B39 / NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit / NEDD8 / NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Sintchak, M.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Substrate-assisted inhibition of ubiquitin-like protein-activating enzymes: the NEDD8 E1 inhibitor MLN4924 forms a NEDD8-AMP mimetic in situ.
著者: Brownell, J.E. / Sintchak, M.D. / Gavin, J.M. / Liao, H. / Bruzzese, F.J. / Bump, N.J. / Soucy, T.A. / Milhollen, M.A. / Yang, X. / Burkhardt, A.L. / Ma, J. / Loke, H.K. / Lingaraj, T. / Wu, ...著者: Brownell, J.E. / Sintchak, M.D. / Gavin, J.M. / Liao, H. / Bruzzese, F.J. / Bump, N.J. / Soucy, T.A. / Milhollen, M.A. / Yang, X. / Burkhardt, A.L. / Ma, J. / Loke, H.K. / Lingaraj, T. / Wu, D. / Hamman, K.B. / Spelman, J.J. / Cullis, C.A. / Langston, S.P. / Vyskocil, S. / Sells, T.B. / Mallender, W.D. / Visiers, I. / Li, P. / Claiborne, C.F. / Rolfe, M. / Bolen, J.B. / Dick, L.R.
履歴
登録2009年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
B: NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
C: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
D: NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
I: NEDD8
J: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,26610
ポリマ－243,2486
非ポリマー1,0184
水00
1
A: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
B: NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
I: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,1335
ポリマ－121,6243
非ポリマー5092
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area41380 Å2
手法PISA
2
C: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
D: NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
J: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,1335
ポリマ－121,6243
非ポリマー5092
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10090 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area41220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.030, 228.715, 229.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit / Amyloid protein-binding protein 1 / Amyloid beta precursor protein-binding protein 1 / 59 kDa / APP- ...Amyloid protein-binding protein 1 / Amyloid beta precursor protein-binding protein 1 / 59 kDa / APP-BP1 / Proto-oncogene protein 1


分子量: 60315.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APPBP1, HPP1, NAE1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q13564
#2: タンパク質 NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 3 / Ubiquitin-activating enzyme 3 / NEDD8-activating ...Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 3 / Ubiquitin-activating enzyme 3 / NEDD8-activating enzyme E1C / Ubiquitin-activating enzyme E1C


分子量: 51906.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA3, UBE1C
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: Q8TBC4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: タンパク質 NEDD8 / Ubiquitin-like protein Nedd8 / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down- ...Ubiquitin-like protein Nedd8 / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8


分子量: 9402.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q15843
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-B39 / [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate / MLN-4924


分子量: 443.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25N5O4S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.06 %
結晶化温度: 293 K
詳細: 1.8 M tri-ammonium citrate pH 7.0, 4% (v/v) 1,3 butanediol, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.36 Å / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 15.9

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R4M

1r4m


解像度: 3→49.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 18.24 / SU ML: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.059 / ESU R Free: 0.435 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28702 3515 5 %RANDOM
Rwork0.23046 ---
obs0.23325 66102 97.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.768 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.91 Å20 Å20 Å2
2---3.48 Å20 Å2
3----3.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15986 0 64 0 16050
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02216389
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.96422294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.66252060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.56824.772746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.111152663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8841585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02112493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.27573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.211181
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2466
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.577210315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.086316612
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.87136074
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.44545682
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.079 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 262 -
Rwork0.308 4811 -
obs--96.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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