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- PDB-3gz8: Cocrystal structure of NUDIX domain of Shewanella oneidensis NrtR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gz8
タイトルCocrystal structure of NUDIX domain of Shewanella oneidensis NrtR complexed with ADP ribose
要素MutT/nudix family protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NUDIX domain / wHTH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / NrtR DNA-binding winged helix domain / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / NrtR DNA-binding winged helix domain / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / Transcriptional repressor of nicotinamide riboside utilization NrtR
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Huang, N. / Zhang, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure and function of an ADP-ribose-dependent transcriptional regulator of NAD metabolism
著者: Huang, N. / De Ingeniis, J. / Galeazzi, L. / Mancini, C. / Korostelev, Y.D. / Rakhmaninova, A.B. / Gelfand, M.S. / Rodionov, D.A. / Raffaelli, N. / Zhang, H.
履歴
登録2009年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MutT/nudix family protein
B: MutT/nudix family protein
C: MutT/nudix family protein
D: MutT/nudix family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6938
ポリマ－73,4564
非ポリマー2,2374
水5,441302
1
A: MutT/nudix family protein
B: MutT/nudix family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8474
ポリマ－36,7282
非ポリマー1,1192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13940 Å2
手法PISA
2
C: MutT/nudix family protein
D: MutT/nudix family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8474
ポリマ－36,7282
非ポリマー1,1192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area14200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.046, 93.175, 132.497
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
MutT/nudix family protein


分子量: 18363.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
遺伝子: NrtR, SO_1979 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8EFJ3
#2: 化合物
ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 %

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER
検出器日付: 2008年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 29833 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.135 / Net I/σ(I): 27.391
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.43-2.524.30.27428900.95197.6
2.52-2.624.50.23229631.01299.9
2.62-2.744.50.18429711.132100
2.74-2.884.60.14529601.05899.9
2.88-3.064.60.09729621.199.9
3.06-3.34.60.06529891.12499.7
3.3-3.634.70.04729851.18999.4
3.63-4.154.70.03230021.24499
4.15-5.234.80.02730081.22898.1
5.23-504.70.02631031.2696.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GZ5

3gz5


解像度: 2.43→38.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.224 / WRfactor Rwork: 0.173 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.817 / SU B: 7.906 / SU ML: 0.185 / SU R Cruickshank DPI: 0.412 / SU Rfree: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.412 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1503 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 29780 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.72 Å2 / Biso mean: 32.305 Å2 / Biso min: 15.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→38.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4931 0 144 302 5377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6651.997119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7365614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.51824.829234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.34215843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5751524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.22283
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.23501
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7591.53207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24925000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75332362
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6334.52119
LS精密化 シェル解像度: 2.432→2.495 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 117 -
Rwork0.232 2023 -
all-2140 -
obs--97.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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