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- PDB-3gz2: Crystal structure of IpgC in complex with an IpaB peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gz2
タイトルCrystal structure of IpgC in complex with an IpaB peptide
要素
  • Chaperone protein ipgC
  • Invasin ipaB
キーワードCHAPERONE / Tetratricopeptide repeat / TPR / chaperone binding region / Virulence / Secreted / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / host cell / host cell nucleus / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system, invasin protein B / Invasin IpaB, N-terminal / Type III cell invasion protein SipB / Secretion system effector C, SseC-like / Secretion system effector C (SseC) like family / Tetratricopeptide TPR-3 / Tetratricopeptide repeat / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide repeat domain ...Type III secretion system, invasin protein B / Invasin IpaB, N-terminal / Type III cell invasion protein SipB / Secretion system effector C, SseC-like / Secretion system effector C (SseC) like family / Tetratricopeptide TPR-3 / Tetratricopeptide repeat / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Chaperone protein IpgC / Type 3 secretion system translocon protein SctE
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Lokareddy, R.K. / Lunelli, M. / Kolbe, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Combination of two separate binding domains defines stoichiometry between type III secretion system chaperone IpgC and translocator protein IpaB
著者: Lokareddy, R.K. / Lunelli, M. / Eilers, B. / Wolter, V. / Kolbe, M.
履歴
登録2009年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein ipgC
B: Chaperone protein ipgC
P: Invasin ipaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9776
ポリマ－42,7243
非ポリマー2533
水21612
1
A: Chaperone protein ipgC
B: Chaperone protein ipgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6765
ポリマ－34,4232
非ポリマー2533
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area14800 Å2
手法PISA
2
P: Invasin ipaB


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 8.3 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3011
ポリマ－8,3011
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.720, 113.720, 76.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Chaperone protein ipgC


分子量: 17211.428 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-151 / 変異: M1G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: M90T / 遺伝子: ipgC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P0A2U4
#2: タンパク質 Invasin ipaB / 62 kDa antigen


分子量: 8301.180 Da / 分子数: 1 / 断片: Chaperone binding regions of IpaB, residues 16-72 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: M90T / 遺伝子: ipaB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P18011
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M ADA, 1M ammonium sulfate, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月6日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→35.6 Å / Num. all: 16875 / Num. obs: 15633 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.3 % / Biso Wilson estimate: 83.627 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 26.38
反射 シェル解像度: 2.65→2.8 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. measured obs: 12131 / Num. unique all: 2288 / Num. unique obs: 1112 / % possible all: 90.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.64 Å33.42 Å
Translation2.64 Å33.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GYZ

3gyz


解像度: 2.65→35.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 31.519 / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, the structure was refined also with CNS 1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 782 5 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.235 15633 92.7 %-
all-16864 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.57 Å2 / Biso mean: 79.28 Å2 / Biso min: 30.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.47 Å21.23 Å20 Å2
2--2.47 Å20 Å2
3----3.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→35.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 17 12 2398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8941.9623285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4995291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.77425.484124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.39615415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.732156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9451.51467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84822355
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5283966
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2794.5930
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.512 55 -
Rwork0.454 1054 -
all-1109 -
obs-1109 91.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2824-0.41250.36312.2347-3.25535.0201-0.18570.03440.15310.5753-0.0518-0.2495-0.74110.01780.23750.2017-0.0794-0.09950.13270.00990.08430.7504-35.63356.1594
21.3567-0.2269-0.95680.2331-0.16191.20990.00630.07450.0303-0.0101-0.0656-0.04720.01430.04910.05930.0181-0.03020.02250.15130.00670.047647.3402-54.0934-2.2599
33.4223-1.823-3.80226.99541.28174.32080.3058-0.04860.28470.0927-0.1052-0.9825-0.37980.0964-0.20060.0787-0.1023-0.02420.21230.03870.17543.1008-32.4219-1.7398
40.8833-0.40080.42160.5611-0.03150.6892-0.00630.1540.0472-0.0971-0.0524-0.0188-0.0705-0.03410.05870.0399-0.0362-0.01650.17550.04040.020320.9192-37.6203-9.0695
58.408-4.7706-0.35693.41742.44357.1064-0.4961-0.2857-1.38260.30670.19310.86750.16260.04650.3030.2758-0.0653-0.01140.18320.05440.280522.7939-44.1138-14.8538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2A33 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3B9 - 32
4X-RAY DIFFRACTION4B33 - 151
5X-RAY DIFFRACTION5P64 - 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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