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- PDB-5z9x: Arabidopsis SMALL RNA DEGRADING NUCLEASE 1 in complex with an RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z9x
タイトルArabidopsis SMALL RNA DEGRADING NUCLEASE 1 in complex with an RNA substrate
要素
  • RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*AP*UP*UP*AP*G)-3')
  • Small RNA degrading nuclease 1
キーワードPLANT PROTEIN/RNA / exonuclease / microRNA turnover / protein-RNA complex / PLANT PROTEIN / PLANT PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5'-exoribonuclease activity involved in mature miRNA 3'-end processing / miRNA catabolic process / miRNA binding / 3'-5' exonuclease activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA exonuclease 1-like, exonuclease domain / : / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / RNA-binding domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Small RNA degrading nuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, J. / Liu, L. / You, C. / Gu, J. / Ruan, W. / Zhang, L. / Gan, J. / Cao, C. / Huang, Y. / Chen, X. / Ma, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Natural Science Foundation of ChinaNSFC 31230041 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical insights into small RNA 3' end trimming by Arabidopsis SDN1.
著者: Chen, J. / Liu, L. / You, C. / Gu, J. / Ruan, W. / Zhang, L. / Gan, J. / Cao, C. / Huang, Y. / Chen, X. / Ma, J.
履歴
登録2018年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small RNA degrading nuclease 1
R: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*AP*UP*UP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8316
ポリマ－49,5902
非ポリマー2414
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area16310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.993, 87.993, 178.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-609-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Small RNA degrading nuclease 1


分子量: 46429.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SDN1, At3g50100, F3A4.180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A3KPE8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*AP*UP*UP*AP*G)-3')


分子量: 3160.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.45 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: lithum sulfate, magnesium chloride, 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 20440 / % possible obs: 98.98 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-20000.98.699aデータ収集
Coot0.8.6.1モデル構築
PHENIX1.7.1_743位相決定
HKL-20000.98.699aデータ削減
HKL-20000.98.699aデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SDN1 deltaC-ssRNA

解像度: 2.8→28.986 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 33.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 1991 9.85 %
Rwork0.2517 --
obs0.2527 20211 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2258 190 12 27 2487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8433453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.381970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.46951390.40211261X-RAY DIFFRACTION99
2.87-2.94750.42781420.38931294X-RAY DIFFRACTION99
2.9475-3.03410.3511430.37161275X-RAY DIFFRACTION99
3.0341-3.1320.41931370.36211291X-RAY DIFFRACTION100
3.132-3.24380.33651390.31761280X-RAY DIFFRACTION99
3.2438-3.37350.32351420.31421293X-RAY DIFFRACTION100
3.3735-3.52670.28461390.26571289X-RAY DIFFRACTION99
3.5267-3.71230.27361380.24281271X-RAY DIFFRACTION99
3.7123-3.94440.25631370.23051286X-RAY DIFFRACTION99
3.9444-4.24810.23241500.2131321X-RAY DIFFRACTION99
4.2481-4.6740.22841400.20181294X-RAY DIFFRACTION99
4.674-5.34660.23161460.21781317X-RAY DIFFRACTION99
5.3466-6.72230.24621410.27681366X-RAY DIFFRACTION100
6.7223-28.98770.21031580.20661382X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.4711 Å / Origin y: 39.4699 Å / Origin z: 74.1192 Å
111213212223313233
T-0.3478 Å20.4217 Å20.0417 Å2-1.4473 Å2-0.0929 Å2--0.3587 Å2
L2.0859 °20.1644 °2-0.1775 °2-1.0794 °20.1069 °2--2.2153 °2
S-0.2119 Å °1.0518 Å °-0.0148 Å °-0.6498 Å °0.3314 Å °-0.036 Å °0.2255 Å °-0.2707 Å °-0.0826 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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