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万見
- PDB-3gyw: Crystal structure of nucleosome assembly protein from Plasmodium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gyw
タイトルCrystal structure of nucleosome assembly protein from Plasmodium falciparum at 2.4 A resolution
要素Nucleosome assembly protein 1, putative
キーワードCHAPERONE / SIR / SIRAS / NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN / HISTONE RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic cell DNA recombination / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / chromatin / protein kinase binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1500 / Nucleosome assembly protein / Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP) / Arylsulfatase, C-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleosome assembly protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yogavel, M. / Gill, J. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Iodide-SAD, SIR and SIRAS phasing for structure solution of a nucleosome assembly protein.
著者: Yogavel, M. / Gill, J. / Sharma, A.
履歴
登録2009年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleosome assembly protein 1, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6681
ポリマ－29,6681
非ポリマー00
水77543
1
A: Nucleosome assembly protein 1, putative

A: Nucleosome assembly protein 1, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3352
ポリマ－59,3352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.24, 37.87, 79.14
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.7, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Nucleosome assembly protein 1, putative


分子量: 29667.742 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 33-281 (UNP residues 45-293) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: pfl0185c / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8I608
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 8943 / Num. obs: 8943 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 37.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 892 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→50 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 889 -RANDOM
Rwork0.22 ---
all0.224 8942 --
obs-8942 99.96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1541 0 0 43 1584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.981
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 53 -
Rwork0.25 --
obs-594 99.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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