PDB-3gxn: Crystal structure of apo alpha-galactosidase A at pH 4.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gxn

タイトル

Crystal structure of apo alpha-galactosidase A at pH 4.5

要素

Alpha-galactosidase A

キーワード

HYDROLASE / Disease mutation / Disulfide bond / Glycoprotein / Glycosidase / Lysosome / RNA editing

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / galactoside binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.01 Å

データ登録者

Lieberman, R.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Effects of pH and iminosugar pharmacological chaperones on lysosomal glycosidase structure and stability.
著者: Lieberman, R.L. / D'aquino, J.A. / Ringe, D. / Petsko, G.A.

履歴

登録	2009年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gxn.cif.gz	157.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gxn.ent.gz	128.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gxn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gxn_validation.pdf.gz	1000 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gxn_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3gxn_validation.xml.gz	30.5 KB	表示
CIF形式データ	3gxn_validation.cif.gz	41.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/3gxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/3gxn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gxdC 3gxfC 3gxiC 3gxmC 3gxpC 3gxtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6k6s-d 4zs9-d 3hg2-d 6jde-2 3gxt-d 4lmh-3 3gxp-d 3s5z-d 2v55-1 3hg3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-galactosidase A

B: Alpha-galactosidase A

ヘテロ分子

91.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.375, 90.375, 217.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 32 - 421 / Label seq-ID: 32 - 421

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質

Alpha-galactosidase A / Alpha-D-galactoside galactohydrolase / Alpha-D-galactosidase A / Melibiase

分子量: 45394.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLA
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P06280, alpha-galactosidase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.45 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / 詳細: vapor diffusion

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 3.01→78 Å / Num. obs: 18676

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

解像度: 3.01→44.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / WR_factor R_free: 0.34 / WR_factor R_work: 0.254 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.759 / SU B: 53.739 / SU ML: 0.44 / SU R Cruickshank DPI: 0.472 / SU R_free: 0.641 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.573 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.301	971	5.2 %	RANDOM
R_work	0.236	-	-	-
obs	0.239	18676	88.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.51 Å² / B_iso mean: 121.193 Å² / B_iso min: 113.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.48 Å²	2.24 Å²	0 Å²
2-	-	4.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.01→44.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6244	0	61	0	6305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	6490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.844	1.945	8824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.568	5	778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.224	24.277	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.591	15	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.071	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5020
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	3207
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.328	0.2	4323
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.484	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.37	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.388	1.5	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.63	2	6208
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.033	3	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.606	4.5	2616

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3122 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
TIGHT THERMAL	0.12	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.01→3.085 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.412	44	-
R_work	0.342	813	-
all	-	857	-
obs	-	-	57.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8682	-0.7498	-0.2358	3.1188	-0.3083	2.1248	0.1079	-0.0963	0.2881	-0.1716	-0.0325	0.3587	-0.4476	-0.2553	-0.0754	-0.2191	0.0565	0.0396	-0.0938	-0.013	-0.332	36.4863	-12.4214	-1.4811
2	2.1231	-0.6442	-0.8191	3.3373	-0.0351	2.7986	0	-0.2315	-0.5837	0.1304	-0.0858	0.0797	0.5925	0.0345	0.0857	-0.2356	0.0179	-0.0098	0.1025	0.0949	-0.3276	45.6226	-49.5679	28.3092
3	1.5936	-0.1676	-0.5537	2.134	0.21	4.3364	0.0739	0.1173	-0.2312	-0.2819	-0.1049	-0.1935	0.5403	0.2538	0.031	-0.2582	0.1332	0.0289	-0.0762	0.0038	-0.4391	52.8687	-38.2427	-5.3803
4	1.6365	-0.064	-1.1988	2.2473	-1.6014	2.928	0.3564	-0.5075	0.6555	0.5757	-0.0513	0.197	-1.0879	-0.1813	-0.3051	-0.0788	0.0122	0.1312	0.1521	-0.071	-0.306	36.641	-20.6913	34.4399

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 328
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	32 - 328
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	329 - 414
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	329 - 414

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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