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- PDB-3gxg: Crystal structure of Putative phosphatase (DUF442) (YP_001181608.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gxg
タイトルCrystal structure of Putative phosphatase (DUF442) (YP_001181608.1) from SHEWANELLA PUTREFACIENS CN-32 at 1.60 A resolution
要素Putative phosphatase (DUF442)
キーワードHYDROLASE / YP_001181608.1 / Putative phosphatase (DUF442) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / tyrosine phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase hydrolase-like protein, phosphatase-like domain / Beta-lactamase hydrolase-like protein, phosphatase-like domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Beta-lactamase hydrolase-like protein phosphatase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella putrefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative phosphatase (DUF442) (YP_001181608.1) from SHEWANELLA PUTREFACIENS CN-32 at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative phosphatase (DUF442)
B: Putative phosphatase (DUF442)
C: Putative phosphatase (DUF442)
D: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,24735
ポリマ－71,1894
非ポリマー2,05831
水16,880937
1
A: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,43711
ポリマ－17,7971
非ポリマー64010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2438
ポリマ－17,7971
非ポリマー4467
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2708
ポリマ－17,7971
非ポリマー4737
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2978
ポリマ－17,7971
非ポリマー4997
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Putative phosphatase (DUF442)
B: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子

A: Putative phosphatase (DUF442)
B: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子

A: Putative phosphatase (DUF442)
B: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子

A: Putative phosphatase (DUF442)
B: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,72276
ポリマ－142,3788
非ポリマー4,34468
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area30400 Å2
ΔGint-648 kcal/mol
Surface area48700 Å2
手法PISA, PQS
6
C: Putative phosphatase (DUF442)
D: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子

C: Putative phosphatase (DUF442)
D: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子

C: Putative phosphatase (DUF442)
D: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子

C: Putative phosphatase (DUF442)
D: Putative phosphatase (DUF442)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,26764
ポリマ－142,3788
非ポリマー3,88956
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)111.223, 111.223, 66.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative phosphatase (DUF442)


分子量: 17797.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens (バクテリア)
株: CN-32 / 遺伝子: Sputcn32_0073, YP_001181608.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A4Y1H6

-
非ポリマー , 5種, 968分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 937 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 23-178) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 23-178) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.26M (NH4)2SO4, 0.20M NaCl, 0.1M Acetate pH 4.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97843
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月18日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97843 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→42.64 Å / Num. obs: 106820 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14.762 Å2 / Rmerge F obs: 0.178 / Rrim(I) all: 0.117 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 396929
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsRrim(I) allRsym value% possible all
1.6-1.691003.72.357221155470.7510.55199.9
1.69-1.791003.73.354398147190.520.38299.9
1.79-1.911003.7551099137880.3390.24999.9
1.91-2.071003.77.847928128770.2090.15399.9
2.07-2.261003.711.944219118550.1320.09799.9
2.26-2.5399.93.715.740237107550.0970.07199.9
2.53-2.921003.7213560494830.0680.0599.9
2.92-3.5899.93.732.63012580400.040.02999.9
3.58-5.0699.93.744.32343862690.0280.02199.9
5.06-42.6499.83.642.61267034870.0280.02199.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→42.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.384 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.85 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. CL, SO4, EDO AND ACT MODELED IS PRESENT IN CRYTALLIZATION OR CRYO SOLUTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 5324 5 %RANDOM
Rwork0.152 101496 --
obs0.153 106820 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.53 Å2 / Biso mean: 17.805 Å2 / Biso min: 3.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4934 0 115 937 5986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.9677269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94438655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4035684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.20126.704267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.20215894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.702158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.60333248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.46831284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.50555232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1982086
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.157112005
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 394 -
Rwork0.243 7485 -
all-7879 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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