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- PDB-3gvq: UROD single-chain dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gvq
タイトルUROD single-chain dimer
要素Uroporphyrinogen decarboxylase
キーワードLYASE / heme / uroporphyrinogen / DECARBOXYLASE / ALPHA-8-BETA-8 BARREL / Acetylation / Cytoplasm / Disease mutation / Heme biosynthesis / Phosphoprotein / Porphyrin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


porphyrin-containing compound catabolic process / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / porphyrin-containing compound metabolic process / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process ...porphyrin-containing compound catabolic process / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / porphyrin-containing compound metabolic process / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uroporphyrinogen decarboxylase HemE / Uroporphyrinogen decarboxylase signature 1. / Uroporphyrinogen decarboxylase signature 2. / Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) / Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) / TIM Barrel - #210 / UROD/MetE-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uroporphyrinogen decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hill, C.P. / Phillips, J.D. / Warby, C. / Whitby, F.G. / Kushner, J.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Substrate shuttling between active sites of uroporphyrinogen decarboxylase is not required to generate coproporphyrinogen.
著者: Phillips, J.D. / Warby, C.A. / Whitby, F.G. / Kushner, J.P. / Hill, C.P.
履歴
登録2009年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uroporphyrinogen decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8321
ポリマ－40,8321
非ポリマー00
水2,612145
1
A: Uroporphyrinogen decarboxylase

A: Uroporphyrinogen decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6642
ポリマ－81,6642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+5/31
Buried area2450 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area26330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.145, 103.145, 71.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-443-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uroporphyrinogen decarboxylase / URO-D / UPD


分子量: 40831.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UROD / プラスミド: 511693 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06132, uroporphyrinogen decarboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: CITRATE BUFFER, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月11日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 25394 / Num. obs: 25394 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2197 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 86.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1uro

1uro


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.827 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24411 1298 5.1 %RANDOM
Rwork0.19261 ---
all0.19517 24075 --
obs0.19517 24075 97.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.231 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.17 Å2-1.09 Å20 Å2
2---2.17 Å20 Å2
3---3.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2805 0 0 145 2950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2651.9523915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5345357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.65223.233133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.56915467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0541524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21969
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9081.51841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53622870
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03231186
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2734.51045
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 82 -
Rwork0.231 1558 -
obs--85.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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