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- PDB-3gva: Crystal Structure Analysis of S. Pombe ATL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gva
タイトルCrystal Structure Analysis of S. Pombe ATL
要素Alkyltransferase-like protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Alkylated DNA damage repair / DNA damage / DNA repair / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


O6-alkylguanine-DNA binding / global genome nucleotide-excision repair / catalytic activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / damaged DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyltransferase-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Tubbs, J.L. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Flipping of alkylated DNA damage bridges base and nucleotide excision repair.
著者: Tubbs, J.L. / Latypov, V. / Kanugula, S. / Butt, A. / Melikishvili, M. / Kraehenbuehl, R. / Fleck, O. / Marriott, A. / Watson, A.J. / Verbeek, B. / McGown, G. / Thorncroft, M. / Santibanez- ...著者: Tubbs, J.L. / Latypov, V. / Kanugula, S. / Butt, A. / Melikishvili, M. / Kraehenbuehl, R. / Fleck, O. / Marriott, A. / Watson, A.J. / Verbeek, B. / McGown, G. / Thorncroft, M. / Santibanez-Koref, M.F. / Millington, C. / Arvai, A.S. / Kroeger, M.D. / Peterson, L.A. / Williams, D.M. / Fried, M.G. / Margison, G.P. / Pegg, A.E. / Tainer, J.A.
履歴
登録2009年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyltransferase-like protein 1
B: Alkyltransferase-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3252
ポリマ－27,3252
非ポリマー00
水2,180121
1
A: Alkyltransferase-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6621
ポリマ－13,6621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alkyltransferase-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6621
ポリマ－13,6621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.298, 46.298, 169.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Alkyltransferase-like protein 1


分子量: 13662.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: atl1, SPAC1250.04c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UTN9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.83 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14855 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2→2.7 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2→39.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 114432 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1434 10.3 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs-13976 93.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.741 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 98.77 Å2 / Biso mean: 34.943 Å2 / Biso min: 13.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.91 Å20 Å20 Å2
2--5.91 Å20 Å2
3----11.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1764 0 0 121 1885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.382.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 210 9.8 %
Rwork0.269 1934 -
all-2144 -
obs--88.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna.param
X-RAY DIFFRACTION3water.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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