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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gv0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LacI family transcription regulator from Agrobacterium tumefaciens | ||||||
要素 | Transcriptional regulator, LacI family | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATOR / PSI-II / 11224e / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / New York Structural GenomiX Research Consortium / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Bagaria, A. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of LacI family transcription regulator from Agrobacterium tumefaciens 著者: Bagaria, A. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gv0.cif.gz | 64.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gv0.ent.gz | 50.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gv0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/3gv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/3gv0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32427.455 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 62-338 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 株: C58 / 遺伝子: AGR_C_2807, Atu1522 / プラスミド: pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7CZ24 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月23日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→43.36 Å / Num. all: 20658 / Num. obs: 20658 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 52.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→43.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 5.991 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residues listed as missing in Remark 465 are due to lack of electron density. Residues with missing atoms listed in Remark 470 are due to ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residues listed as missing in Remark 465 are due to lack of electron density. Residues with missing atoms listed in Remark 470 are due to lack of electron density for side chains and modeled as alanines.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.203 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→43.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
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