[日本語] English
万見
- PDB-3guu: X-ray structure of Candida Antarctica lipase A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3guu
タイトルX-ray structure of Candida Antarctica lipase A
要素Lipase A
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Candida / Lipase (リパーゼ) / Protein structure (タンパク質構造)
機能・相同性
機能・相同性情報


トリアシルグリセロールリパーゼ / triglyceride lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #130 / Secretory lipase / Lipase, secreted / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Candida Antarctica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Brandt, A.-M. / Li, X.-G. / Nymalm-Rejstrom, Y. / Airenne, T. / Kanerva, L.T. / Salminen, T.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of Lipase A from Candida antarctica
著者: Brandt, A.-M. / Li, X.-G. / Nymalm-Rejstrom, Y. / Airenne, T. / Kanerva, L.T. / Salminen, T.A.
履歴
登録2009年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lipase A
B: Lipase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3566
ポリマ－98,6912
非ポリマー6654
水8,989499
1
A: Lipase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6763
ポリマ－49,3461
非ポリマー3302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lipase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6803
ポリマ－49,3461
非ポリマー3342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.100, 92.100, 300.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 12 - 441 / Label seq-ID: 33 - 462

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Lipase A


分子量: 49345.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Commerial enzyme Roche Chirazyme L-5 / 由来: (天然) Candida Antarctica (菌類)
参照: UniProt: W3VKA4*PLUS, トリアシルグリセロールリパーゼ
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. THIS ...THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. THIS SEQUENCE IS REFERRED IN CAN.J.BOT. VOL 73 (1995), PP. S869-S875; HOEGH, S. ET.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.89 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5M Ammonium sulfate, 12% glycerol, 100mM TRIS-HCl pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 88351 / Num. obs: 86764 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 9.64
反射 シェル解像度: 2.1→2.3 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 4.42 / Num. unique all: 17290 / Rsym value: 0.434 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0040精密化
INTEGRATEデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VEO

2veo


解像度: 2.1→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 4.309 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23365 3784 5 %RANDOM
Rwork0.18914 ---
obs0.19136 71879 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.292 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6535 0 43 499 7077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0226789
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.120.028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7131.9639286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.689316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1315868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.1925.018277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.09215978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4551518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.23377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3750.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.24686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1240.25
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8691.54444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33927018
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36632689
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4874.52268
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1711medium positional0.150.5
1524loose positional0.335
1711medium thermal0.842
1524loose thermal1.1610
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 275 -
Rwork0.204 5208 -
obs-5208 100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る