PDB-3gup: T4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gup

タイトル

T4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity--pyridine binding

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / T4 lysozyme / apolar cavity / buried charge / ligand binding / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Liu, L. / Matthews, B.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
著者: Liu, L. / Baase, W.A. / Michael, M.M. / Matthews, B.W.

履歴

登録	2009年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gup.cif.gz	85.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gup.ent.gz	65 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gup.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gup_validation.pdf.gz	468.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gup_full_validation.pdf.gz	473.9 KB	表示
XML形式データ	3gup_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	3gup_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3gup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3gup	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3guiSC 3gujC 3gukC 3gulC 3gumC 3gunC 3guoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3guo-1 3guk-2 148l-d 6u0c-d 3guk-1 3gul-1 3guo-2 1lwk-d 4s0w-2 3gul-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (6)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (6)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (6)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysozyme

B: Lysozyme

ヘテロ分子

37.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.957, 48.957, 129.315
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 12
2	1	1	1	B	1 - 12
1	1	2	4	A	13 - 26
2	1	2	4	B	13 - 26
1	1	3	1	A	27 - 37
2	1	3	1	B	27 - 37
1	1	4	4	A	38 - 50
2	1	4	4	B	38 - 50
1	1	5	1	A	51 - 602
2	1	5	1	B - A	51 - 604

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin 分子量: 18709.568 Da / 分子数: 2 / 変異: T21C/S38D/L99A/M102E/E108V/S117V/T142C/N144D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: E / プラスミド: p1403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

#1: タンパク質

Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin

分子量: 18709.568 Da / 分子数: 2 / 変異: T21C/S38D/L99A/M102E/E108V/S117V/T142C/N144D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: E / プラスミド: p1403 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 263分子

#2: 化合物	ChemComp-0PY / pyridine / Azabenzene / Azine / ピリジン分子量: 79.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N
#3: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 8000, 0.14M magnesium/calcium sulfate, 0.1M PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日 / 詳細: Si(111)
放射	モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→48.96 Å / Num. obs: 47402 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GUI

3gui

解像度: 1.5→48.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 4.527 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2534	2403	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21134	-	-	-
obs	0.21344	44992	97.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.654 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2586	0	31	253	2870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.643	1.967	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.291	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.371	23.178	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.979	15	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.407	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.15	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.217	1.5	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.579	2	2608
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.64	3	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.933	4.5	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	92	tight positional	0.02	0.05
3	79	tight positional	0.02	0.05
5	912	tight positional	0.02	0.05
2	123	medium positional	0.07	0.5
4	96	medium positional	0.06	0.5
1	92	tight thermal	0.17	0.5
3	79	tight thermal	0.11	0.5
5	912	tight thermal	0.12	0.5
2	123	medium thermal	0.43	2
4	96	medium thermal	0.34	2

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	165	-
R_work	0.252	3400	-
obs	-	-	99.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8512	-0.2649	-1.4917	3.342	0.2558	4.6752	0.0266	0.2949	-0.2226	-0.0276	-0.0942	-0.0639	0.1839	0.7517	0.0676	-0.0958	0.0028	0.0249	0.1297	-0.0139	-0.0698	0.768	-13.499	58.276
2	7.9333	1.4119	1.2767	6.4538	-0.6163	4.3342	0.024	-0.7532	0.1193	0.5905	-0.3581	-0.4308	-0.3931	0.4314	0.3342	-0.0975	-0.0197	-0.0361	0.2422	0.0536	-0.0366	5.452	-11.993	76.69
3	2.3265	-0.2006	-0.1692	0.7173	-0.4723	3.6715	0.016	-0.109	0.1341	-0.0607	-0.0148	-0.0607	-0.4584	0.4163	-0.0012	-0.0065	-0.046	0.027	0.0177	-0.0192	-0.0673	-3.965	-4.162	61.53
4	0.3544	0.0753	0.0376	0.6269	-0.0755	1.6534	0.0025	-0.0801	-0.026	-0.0824	-0.0146	-0.0187	0.0138	0.0209	0.012	-0.0089	0.0254	0.0076	0.0045	-0.0006	-0.0503	-9.397	-14.021	58.928
5	3.3847	-0.3145	-0.0185	3.7777	-1.2142	6.717	-0.0635	-0.0527	-0.0939	0.2601	-0.0132	-0.2595	0.7595	0.1971	0.0767	0.1107	0.0021	-0.0127	-0.099	0.0272	-0.065	-11.006	-25.379	56.818
6	5.0312	1.5543	-0.6846	8.0877	0.8654	4.2769	-0.3064	0.492	-0.3564	-0.7765	0.0215	0.0971	0.3912	-0.3468	0.2849	0.2153	-0.0189	0.0484	-0.0963	-0.0288	-0.0461	-12.494	-29.937	38.404
7	0.7039	-0.1063	-0.4672	2.2555	-0.1722	3.7082	-0.0131	-0.0642	-0.059	-0.1086	0.0205	0.129	0.403	-0.4465	-0.0074	0.0147	-0.0446	-0.0189	-0.0065	0.0281	-0.0672	-20.32	-20.508	53.575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	51 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	170 - 735
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	165 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	165 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	168 - 732
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 12
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	13 - 50
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	51 - 162

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)